数据库 | ATACdb：一个全面的人类染色质可开放性数据库

染色质可开放性在研究生物过程、细胞分化、癌症生物学和疾病发展相关领域有中重要作用。ATAC-seq是一项强大的技术，对全基因组染色质可开放性具有较高的准确性和敏感性，人类ATAC-seq数据集积累迅速，迫切需要全面收集和有效处理这些数据。本研究开发了一个全面的人类染色质可开放性数据库(ATACdb），可以帮助研究人员深入理解表观基因组机制，并在可开放染色质区域发现更多的生物功能,该数据库可访问地址：http://www.licpathway.net

ATACdb包含来自1493个ATAC-seq样本的52078883个区域，这些样本来自NCBI GEO/SRA的2200多个与ATAC-seq数据相关的染色质可开放性样本。ATACdb提供每个样本的QC报告，包括平均插入长度和标准差，TSS富集分数和FRP(Fraction of Reads inPeaks)。

在ATACdb中，用户可以通过“生物样本类型”、“生物样本名称”、“组织类型”和“癌症类型”快速浏览样本，还可以直接单击“Sample ID”查看给定样本的染色质可开放区， ATACdb为染色质可开放区提供详细的遗传注释，包括超级增强子、典型增强子、转录因子 (TF)、常见单核苷酸多态性 (SNP)、风险SNP、eQTL、LD SNP、甲基化、染色质相互作用和TAD。总之ATACdb是一个强大的平台，以友好的用户页面为研究者提供最全面的染色质开放性数据、QC、TF足迹和各种其他注释等。

Tips

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参考文献

ATACdb: a comprehensive human chromatin accessibilitydatabase.Research, 2021.

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