SPM提取大脑surface

用SPM提取皮层surface

当需要用BrainNet Viewer展示一个被试个体的大脑灰质时，可以自制一个surface模板。主要步骤是：

1.用SPM提取surface;
2.把surface信息制作成BrainNet Viewer可以识别的模板；
3.最后用BrainNet Viewer显示。

用SPM提取皮层surface

首先提取surface文件。

在matlab中输入spm，打开spm对话框；
点击面板下方的Render，选择Extract Surface;
在Select images对话框中选择一个灰质图像（结构像分割的图像，前缀为c1，如c1T1.nii），点击Done；
选择Save Extracted Surface；
在输入数据的同一文件夹下生成了后缀为.gii的图像，这个图像可以直接作为Brainnet Viewer的surface模板。如果想进一步提取surface的顶点和三角面片可以参考下面的步骤。
在matlab命令行窗口输入：

g=gifti(‘D:\c1T1.surf.gii’)
face=g.faces;
vertices=g.vertices;

vertices是顶点的三维坐标，face是组成三角面片的顶点的下标；
新建一个文本txt，按照Brainnet Viewer手册的要求依次输入顶点个数，顶点坐标，面片数和对应的三个顶点下标，保存文本后将文本后缀改为.nv，这样被试的surface file就完成了；
在matlab命令行输入BrainNet，surface file项选择刚刚制作好的.nv或者.gii文件，点击OK；
10.最后得到的surface长这样。

11.如果感兴趣区在左半脑，可以在用spm提取surface之前把右半脑去掉。

V=spm_vol(‘D:\c1T1.nii’)
[Y,XYZmm]=spm_read_vols(V);
Y(XYZmm(1,:)>0)=0; %去掉右半脑
V.fname=‘D:\c1T1_left.nii’
spm_write_vol(V,Y);

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