gromacs 安装_GROMACS安装专述

原标题：GROMACS安装专述

荨荨

●中国科学院化学研究所博士

●直答理工网个人专家

在直答理工网建立小组

●Linux shell学习

●Gaussian计算

●GROMACS

●分子动力学模拟

今天专述一下分子动力学模拟主流软件GROMACS的安装。

第一步

下载最新版本的Gromacs软件包，比如2016.9.8(新出)最新正式版本是gromacs 5.1.4 .tar.gz。

注意：由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本使用的安装方式完全不同，5.1.x使用CMake(Cross Platform Make)编译，方便很多。

参考网站：

第二步

进行安装按照以下指令：

tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz

cd gromacs-5.1.4

mkdir build

cd build

cmake .. -DGMX _BUILD_OWN_FFTW=ON

make

sudo make install

参考资料：

第三步

添加环境变量

在我的文件夹里，比如说home/xunxun(举个例子)

终端控制台输入：

cd ~

ls -a (列举当前目录下所有文件)

就能看到文件.bashrc了。

vi .bashrc

在最后一行添上：

export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH

保存退出wq

运行：source .bashrc让PATH路径生效。

参考资料：http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289200912711426547/

本文原文发表于直答理工网：

荨荨在直答理工网上创建小组

Linux shell 学习

擅长编写执行任务的脚本，还在学习，我会分享我看到的好的内容分享到这里。

Gaussian 计算

擅长用Gaussian计算单点，结构优化，势能面扫描，弱相互作用计算，结合能的计算，溶剂模型。

GROMACS

本人擅长GROMACS软件进行全原子分子动力学模拟。各种报错问题都有经验，为你答疑解惑。

分子动力学模拟

本人擅长全原子动力学模拟，主要研究方向是有机太阳能电池材料。擅长使用GROMACS软件，VMD软件，并能用Gaussian计算电子性质。

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