蛋白结构分析实操教程
Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍(如氢键等)
2.Pymol 软件使用
2.1 蛋白小分子相互作用图解
2.2 蛋白蛋白相互作用图解
2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
2.4 蛋白及小分子结构叠加及比对
2.5 绘相互作用力
2.6 Pymol 动画制作
3.实例讲解与练习:.
(1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图
(2)制作结合口袋表面图
(3)Bcr/Abl 靶点的 PDB 结构叠合
(4)制作蛋白相互作用动画
(5)针对 ACE2 和新冠病毒 Spike 的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用图 Cartoon Surface Surface of binding site
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