circ2Traits:环状RNA相关疾病数据库

2024-05-09 23:37:46

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miRNA的研究起步很早，miRNA与疾病相关的文献和数据库也相对成熟，而circRNA作为最近兴起的一种RNA, 可以作为miRNA sponger与miRNA结合，发挥转录后调控功能。

circ2Traits是一个环状RNA相关的疾病或者特殊性状的数据库，通过分析环状RNA与那些疾病相关的miRNA的相互作用，从而在环状RNA和疾病之间建立起关联。同时为了进一步分析环状RNA在疾病中的调控路径，还构建了circRNA的ceRNA调控网络。该数据库的网址如下

http://gyanxet-beta.com/circdb/

数据库的构建需要依赖以下4种信息，对应的来源描述如下

从miR2disease数据库得到疾病相关的miRNA信息
从Memzcak等人的研究中得到环状RNA与miRNA的相互作用关系
从starBase数据库得到miRNA-mRNA的相互作用信息
从miRCode数据库得到miRNA和lncRNA的相互作用信息

目前官网只提供了数据下载的功能，示意如下

第一个文件是ceRNA调控网络信息，内容示意如下，第一类为miRNA,第二列为protein coding或者lncRNA转录本，第三列为环状RNA,第四列为疾病的名称

第二个文件是环状RNA的所有信息，包含了circRNA-miRNA和circRNA和miRNA结合区域的SNP信息，内容列数很多，截取如下

通过该数据库，可以得到疾病相关的环状RNA信息，同时其分析疾病相关的环状RNA的思路和将circRNA,ceRNA，SNP信息整合的策略都值得借鉴。

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