附录3：RMA算法原理

RMA算法分三步：

一、背景校正（没精力写了）

二、归一化（没精力写了）

三、计算表达值

假设有5张芯片，这些芯片的某个探针组包含5个探针，它们的表达值如下：

　　　　　　　　GeneChip

　　　　　　4　　8　　6　　9　　7

　　　　　　3　　1　　2　　4　　5

Probe 　　 6　　10　 7　　12　 9

　　　　　　4　　5　　8　　9　　6

　　　　　　7　　11　 8　　12　 10

（1）获取每一行的中位数：

　　　　　　　　　　　　　　Rdelta

4　　8　　6　　9　　7　　　　7

3　　1　　2　　4　　5　　　　3

6　　10　 7　 12　 9　　　　9

4　　5　　8　　9　　6 　　　 6

7　　11　 8　　12　 10　　　 10

（2）每一行减去这个中位数：

-3　　1　　-1　　2　　0

0　　-2　　-1　　1　　2

-3　　1　　-2　　3　　0

-2　　-1　　2　　3　　0

-3　　1　　-2　　2　　0

（3）获取每一列的中位数：

　　　　-3　　1　　-1　　2　　0

　　　　0　　-2　　-1　　1　　2

　　　　-3　　1　　-2　　3　　0

　　　　-2　　-1　　2　　3　　0

　　　　-3　　1　　-2　　2　　0

Cdelta -3　　1　　-1　　2　　0

（4）每一列减去这个中位数：

0　　0　　0　　0　　 0

3　　-3　 0　　-1 2

0　　0　　-1　　1 　 0

1　　-2　　3　　1　　0

0　　0　　-1　　0　　0

（5）这时，（4）中的每一行、每一列的中位数都是0。若不符合这个条件，则重复执行（1）~（4）的步骤，直到符合为止。

（6）原始矩阵：

4　　8　　6　　9　　7

3　　1　　2　　4　　5

6　　10　 7　　12　 9

4　　5　　8　　9　　6

7　　11　 8　　12　 10

减去（4）的矩阵：

0　　0　　0　　 0　 0

3　　-3　 0　　-1　 2

0　　0　　-1　　1　 0

1　　-2　　3　　1　 0

0　　0　　-1　　0　 0

得到：

4　　8　　6　　9　　7

0　　4　　2　　5　　3

6　　10　 8　　11　 9

3　　7　　5　　8　　6

7　　11　 9　　12　10

每一列求平均值：

4　　8　　6　　9　　7

——>这5个数是最终结果，代表5个样品的该探针组的表达值

转载于:https://www.cnblogs.com/xianwen/p/4522575.html

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