膜蛋白分子动力学模拟流程

一般水溶性蛋白分析如上一期文章：分子动力学模拟gromacs在windows下的安装和使用，那么膜蛋白的分析是如何进行的呢？

一、目的蛋白拓扑文件准备

gmx pdb2gmx -ignh -f E:\1rc2\1rc2.pdb -p E:\1rc2\1rc2.top -i E:\1rc2\1rc2 -o E:\1rc2\1rc2.gro

水模型这一步我们选择推荐的SPC，因为我们的序列头尾并没有特殊残基修饰。

二、脂质分子模型及拓扑文件准备

gmx editconf -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.pdb -o D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.grogmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_minim.mdp -c D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.gro -p D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.top -o D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_em.tpr -maxwarn 1gmx trjconv -s D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_em.tpr -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.gro -o D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_whole.gro -pbc mol -ur compact

这一步生成的dppc128_whole.gro文件，以后做膜蛋白可以直接引用。

三、将目的蛋白置于脂质膜中心

gmx editconf -f E:\1rc2\1rc2.gro -o E:\1rc2\1rc2_newbox.gro -box 6.41840   6.44350   6.59650 -center 2.32563   2.48354   3.29825#调整向量的z轴，使其处于质膜分子中心，然后等倍数缩放x，y的值gmx genrestr -f E:\1rc2\1rc2_newbox.gro -o E:\1rc2\1rc2_strong_posre.itp -fc 100000 100000 100000#重原子位置限制

将1rc2_newbox.gro和dppc128_whole.gro合并命名为1rc2_system.gro。保留DPPC的盒向量。

四、使用perl进行质膜的重建

#根据蛋白分子大小进行脂质分子的扩大perl D:\软件安装\gmx2018.8\bin\inflategro.pl E:\1rc2\1rc2_system.gro 6 DPPC 14 E:\1rc2\1rc2_system_inflated.gro 5 E:\1rc2\1rc2_area.dat#能量最小化gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_minim_strong.mdp -c E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_inflated.gro -r E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_inflated.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em1.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -v -deffnm E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em1#这一步需要循环迭代，我有写好的python代码，可直接运行，有需要的可加我微信索要。####################################################################################################################perl D:\软件安装\gmx2018.8\bin\inflategro.pl E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em1.gro 0.95 DPPC 0 E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_shrink1.gro 5 E:\1rc2\em_shrink\1rc2_area_shrink1.datgmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_minim_strong.mdp -c E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_shrink1.gro -r E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_shrink1.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em2.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -v -deffnm E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em2####################################################################################################################

这一步会删除多余的DPPC，因此这一步完成后，进行目标top文件DPPC分子数的更改。

五、蛋白、质膜的溶剂化

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_ions.mdp -c E:\1rc2\1rc2_water.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o  E:\1rc2\1rc2.tpr -maxwarn 1

六、离子平衡

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_ions.mdp -c E:\1rc2\1rc2_water.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o  E:\1rc2\1rc2.tpr -maxwarn 1gmx genion -s E:\1rc2\1rc2.tpr -o E:\1rc2\1rc2_ions.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -pname NA -nname CL -neutral

七、能量最小化

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_ions.mdp -c E:\1rc2\1rc2_ions.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\1rc2_em.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -v -deffnm E:\1rc2\1rc2_emgmx energy -f E:\1rc2\1rc2_em.edr -o E:\1rc2\1rc2_potential.xvg

八、溶剂平衡（nvp平衡）

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_nvt.mdp -c E:\1rc2\1rc2_em.gro -r E:\1rc2\1rc2_em.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -n E:\1rc2\1rc2_index.ndx -o E:\1rc2\1rc2_nvt.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -deffnm E:\1rc2\1rc2_nvtgmx energy -f E:\1rc2\1rc2_nvt.edr

九、溶质平衡（ntp平衡）

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_npt.mdp -c E:\1rc2\1rc2_nvt.gro -r E:\1rc2\1rc2_nvt.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -n E:\1rc2\1rc2_index.ndx -o E:\1rc2\1rc2_npt.tpr -maxwarn 2gmx mdrun -nt 12 -deffnm E:\1rc2\1rc2_npt#12表示电脑核数gmx energy -f E:\1rc2\1rc2_npt.edr -o E:\1rc2\1rc2_pressure.xvggmx energy -f E:\1rc2\1rc2_npt.edr -o E:\1rc2\1rc2_density.xvg

十、分子动力学模拟

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_md.mdp -c  E:\1rc2\1rc2_npt.gro -t  E:\1rc2\1rc2_npt.cpt -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\1rc2_md_0_1.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -nt 12 -deffnm E:\1rc2\1rc2_md_0_1

个人可以做水溶液蛋白或者膜蛋白脂质膜体系的分子动力学模拟，以及其突变体的分子动力学模拟。有需要的可以加我微信公众号。

膜蛋白分子动力学模拟流程相关推荐

Gromacs分子动力学模拟流程概述
Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分 ...
分子动力学模拟之SETTLE约束算法
Python微信订餐小程序课程视频 https://edu.csdn.net/course/detail/36074 Python实战量化交易理财系统 https://edu.csdn.net/cou ...
干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用
前言分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用.分子对 ...
amber分子动力学模拟干货总结
AMBER软件安装运行.模型构建及力场文件生成.能量优化.溶剂模型.MM/PBSA方法结合自由能计算.另配合专业案例及经典文章案例复现分子动力学入门理论教学目标:了解本方向内容.理论基础.研究意义 ...
分子动力学模拟之基于自动微分的LINCS约束
Python微信订餐小程序课程视频 https://edu.csdn.net/course/detail/36074 Python实战量化交易理财系统 https://edu.csdn.net/cou ...
分子动力学模拟手把手教你
如果你是AMBER的新用户或对一般的分子动力学模拟毫无了解可通过此教程入门. 教程简介这个教程旨在介绍如何使用Amber进行分子动力学模拟,并假设您以前没有使用过Amber. 它专门为想要了解如 ...
GROMACS模拟流程与力场构建
随着计算机技术的发展和计算能力的提升,以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用.在分子动力学模拟领域,Gromacs软件表现出独有的优势.本次简要介 ...
设计模式之四：抽象工厂(披萨店生产披萨模拟流程)
抽象工厂模式:提供一个接口,用于创建相关或依赖对象的家族,而不需要明确指定具体类.(披萨店生产披萨模拟流程) 抽象工厂允许客户使用抽象的接口来创建一组相关的产品,而不需要知道(或关心)实际产出的具体产 ...
分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
Acellera软件包括HTMD.ACEMD.AceCloud.Parameterize.AceFlow和ACEMD3模块. ACEMD简介 ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包,该软件 ...

膜蛋白分子动力学模拟流程

膜蛋白分子动力学模拟流程相关推荐

最新文章

热门文章