linux下phylip软件构建NJ树,MEGA软件——系统发育树构建方法(图文讲解)
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行,然后重起一行 编辑基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母)。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
(1)打开Mega 5软件,界面如下
(2)导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型(如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein)
出现新的对话框,创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
(3)序列比对分析
点击工具栏中“W”工具,进行比对分析,比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
(4)系统发育分析
关闭窗口,选择保存文件路径,自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的,选择相应的分析算法,本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000,点击Compute,开始计算
计算完毕后,生成系统发育树。
根据不同目的,导出分析结果,进行简单的修饰,保存
本方法来自网络,经小编microibs编辑,修改补充,如果转载请注明PLoB出处。
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