2021-09-11-生信技能树-作业1

人鼠基因转换之首字母大写

我爱抄作业

首字母大小写转换
但是有个问题，并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。

#改进版本
human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因
upper_low  <- function(var) {var = tolower(var)first_letter = toupper( substr(var ,1 ,1) )word = paste0(first_letter ,substring(var ,2 ))return(word)
}
mouse_gene = sapply(human_gene, upper_low)

2.在R包homologene里有张基因对应表
同时已经有可以转换的代码可用
homologene(genes, inTax, outTax)
genes：需要查找同源基因的基因列表
inTax：输入基因所属物种
outTax：查找的同源基因属于那个物种

3.NCBI homologene 有四万多对同源基因的对应表；简书链接附上
https://www.jianshu.com/p/877d6f3cc799?ivk_sa=1024320u

4.R包 biomart转换

hsa2mus_all <- getLDS(attributes = c("hgnc_symbol"),filters = "hgnc_symbol",values = hsaGeneInfo$symbol,mart = human,attributesL = c("mgi_symbol"),martL = mouse,uniqueRows = T)
head(hsa2mus_all)
length(hsaGeneInfo$symbol)
nrow(hsa2mus_all)

5.ensymble实现
https://www.ensembl.info/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/

2021-09-11-生信技能树-作业1相关推荐

CancerSubtypes包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
CancerSubtypes包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!) 1. 引言 2. 数据处理 2.1 基本处理 2.1.1 通过检查数据分布来分 ...
ProTICS包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
ProTICS包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!) 1.设置环境 2.Part1的结果 3.Part2的结果 4.Part3的结果 5.相关函数 ...
R：生信技能树学习笔记一
生信技能树小破站:R应该这样学1-4 1.查看已经安装的包的地址 .libPaths() 2.怎么查看函数用法 #在RStudio的右下角窗口的help可以看到 ?函数名 3.三个有用的函数 1.he ...
R：生信技能树学习笔记二
生信技能树小破站:R应该这样学5-7 1.热图 rm(list=ls()) library(pheatmap) a1=rnorm(100) dim(a1)=c(5,20) #设置维度 pheatmap ...
生信技能树【代码大全搜录】
生信技能术代码大全: rm(list = ls()) options()$repos options()$BioC_mirror #options(BioC_mirror="https:// ...
生信技能树linux虚拟机,科学网—Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机 - 刘永鑫的博文...
很多优秀的生物信息学软件,如QIIME.QIIME 2.LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩 ...
TCGA学习笔记一(生信技能树概述版)
1.背景介绍重要数据外显子数据表达数据小RNA测序数据拷贝数芯片甲基化数据蛋白质组学数据临床信息癌症背景知识网页工具大全 GDC cbioportal:按照paper来分类的 UC ...
生信技能树课程记录笔记（七）20220531
一.数据框排序法一:sort函数默认升序. 例:sort(test$Sepal.Length) 法二:order函数默认升序,返回数据下标组成的数组. 可以给向量排序,也可以给数据框排序例:t ...
生信技能树课程记录笔记（三）20220526
matrix 矩阵--只允许一种数据 data.frame 数据框--每列只允许一种数据类型 list 列表--各种都可依据生成函数判断/用class 或i函数判断一下数据类型一.数据框新建数据 ...

2021-09-11-生信技能树-作业1

人鼠基因转换之首字母大写

2021-09-11-生信技能树-作业1相关推荐

最新文章

热门文章