微生物 Alpha多样性作图 16S 菌群 R语言

箱式图

#读入TSV文件 #我直接Qiime2生成的
data=read.table('shannon.tsv',header = T,row.names = 1)

#画箱线图(shannon指数)
VarY=data$shannon_entropy #修改变量
library(ggplot2)
p=ggplot(data = data,aes(x=zq101,y=VarY))+
geom_boxplot(aes(fill=zq101))
p
#data = data指定数据表格
#x=group指定作为x轴的数据列名
#y=shannon指定作为y轴的数据列名
#geom_boxplot()表示画箱线图
p1=p+ labs(title=" ", #改标题名
x=" ", #改最底下分组，可空白
y="shannon_entropy statistics index ") #改Y轴的名
p1
#更改横坐标标题和纵坐标标题
p2=p1+theme(text = element_text(size = 10,face = "plain"),
plot.title=element_text(hjust=0.5),
legend.key=element_blank(),
legend.title=element_blank(),legend.position="right")
p2
#修改字号字形且标题居中

#加散点（不加）
p3=p2+ geom_jitter(aes(shape=zq101), position=position_jitter(.1))
p3

#透明背景
p4=p2+theme(panel.background=element_rect(fill='transparent',colour='black'),
panel.grid=element_blank())
p4

#不加
p5=p4+theme(legend.position = c(0.9,0.9))
p5

#杠前面数越大，箱体越扁
p6=p4+theme(aspect.ratio = 1.6/1)+ theme(legend.position="right")
p6

#“plain”默认普通值, “bold” 粗体、 “italic”斜体
p7=p6+ annotate("text", x=2.32, y=1.5, label=paste("H = 3.676","\nP = 0.055") ,
alpha=1,colour = "black",size = 3, angle=0,
fontface="plain")
p7
# 输出图片
zoom=2 # 控制图片缩放比例
ggsave(paste0("shannon.png"), p7, width=89*zoom, height=60*zoom, units="mm")
ggsave(paste0("shannon.pdf"), p, width=89*zoom, height=60*zoom, units="mm")
#也可以输出为PPT
library(eoffice)
topptx(p7 , "temp1.pptx")

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