文献—Emergent simplicity in microbial community assembly-- 全文框架分析
本文对Emergent simplicity in microbial community assembly—— 全文框架分析
原始文献Goldford J E , Lu N , Bajic D , et al. Emergent Simplicity in Microbial Community Assembly[J]. Science, 2018, 361(6401):469-474.
原始代码链接https://github.com/jgoldford/mcrm.
文章说明和系列内容
本系列更新主要是关于2018年一篇群落结构组成的文献进行阅读的分析和总结，将全文的过程进行分解。主要分为下面几个篇章。本系列的全部内容都为原创，由于个人水平有限，整理过程可能对一些理解不到位甚至错误，请辩证的阅读。
本文字数共（1902）大于阅读5分钟
- 论文全过程详细阅读整理
- 全文框架分析
- 文献模型过程推导
- 代码整理过程注释
本文主要对文献整理内容
- 前沿部分框架
- 逻辑框架
- 内容框架
- 讨论内容大纲
前沿部分框架
第一段：（研究背景）对群落的形成过程的研究缺少定量的、准确预测的理论与模型。
第二段：（引出研究可行性的基础）最近的一些研究中都发现群落的组装过程存在一些共通的特征。但这些特征多大程度能被推广缺少支撑的理论。
第三段：（引出研究内容）通过自上而下的实验探究群落中的规律并用数学模型描述这种规律，探究群落中竞争与共存的关系
逻辑框架
背景框架
前言内容框架
内容框架
结论框架
本文实验方法汇总
| 实验方法/仪器 | 解决问题 |
|---|---|
| PICRUSt | 16S rRNA扩增子测序结果预测微生物群落功能 |
| ESVs | 对在ESV水平进行分类 |
| Renkonen similarities | 比较不同群落的差异度 |
| 莫诺特方程 | 描述单一限制物下的细胞生长量 |
| svm（支持向量机） | 建立对群落进行分类的模型 |
| 资源消费模型 | 描述群落中微生物对物质的应用 |
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