BLAST+使用方法
BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的,与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址:NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下:
格式化数据库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
参数说明:
-in:待格式化的序列文件
-dbtype:数据库类型,prot或nucl
-out:数据库名
蛋白序列比对蛋白数据库(blastp)
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
参数说明:
-query: 输入文件路径及文件名
-out:输出文件路径及文件名
-db:格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue:设置输出结果的e-value值
-num_descriptions:tabular格式输出结果的条数
-num_threads:线程数
核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx)
与上面的blastp用法类似:
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
以上的参数说明只是一些常用的参数,完整的参数说明可以用-help查询。
转载自:http://www.yelinsky.com/blog/ 本文链接http://www.yelinsky.com/blog/archives/421.html
BLAST+使用方法相关推荐
- ncbi blast MATLAB,NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
<NCBI在线BLAST使用方法与结果详解>由会员分享,可在线阅读,更多相关<NCBI在线BLAST使用方法与结果详解(5页珍藏版)>请在人人文库网上搜索. 1.NCBI在线B ...
- 其他blast使用方法
程序名 搜索序列 数据库 内容 备注 blastp Protein Protein 比较氨基酸序列与蛋 ...
- Nature综述:宏基因组测序研究耐药基因的方法和资源
本文转自红皇后学术,链接 https://mp.weixin.qq.com/s/2QMrq6hwr4mIPSpe_rfXJg 论文信息 论文题目:Sequencing-based methods an ...
- 论文解读:ToxinPred2:一种预测蛋白质毒性的改进方法
ToxinPred2: an improved method for predicting toxicity of proteins 期刊:Briefings in Bioinformatics 中科 ...
- 《生物信息学:导论与方法》--新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq--听课笔记(十四)
第八章 新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq 8.1 转录组介绍 A transcriptome is a collection of all the transcripts present i ...
- 新版blast+的使用简介
新版blast+的使用简介 1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAS ...
- 药物设计常用的方法 分子对接 虚拟筛选 等
CADD蛋白结构分析.虚拟筛选.分子对接(蛋白-蛋白.蛋白-多肽) 时间 课程名称 课程内容 第一天 上午 生物分子互作基础 1.生物分子相互作用研究方法 1.1 蛋白-小分子.蛋白-蛋白相互作用原理 ...
- 列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库
次级代谢物基因簇数据库BAGEL4.antiSMASH.PRISM 次级代谢产物,或称天然产物,是由生物体产生的化合物,对于机体的正常生长不是必不可少的.这些次级代谢产物中有许多在医药.农业等领域起着 ...
- 第五章 RNA-seq分析
第五章 RNA-seq分析 主要为RNA-seq相关知识,部分内容作笔记自查使用.如有错误或遗漏还请海涵,可评论或邮箱联系. 最后修改时间:2020-09-01 16:11:38 星期二 转录组研究方 ...
最新文章
- xshell MySQL表备份_shell mysql数据迁移/备份
- [Unity] Animator 播放 Mixamo 动画卡在第一帧的解决办法:勾选 Loop Time
- web框架 http协议
- Spark提交任务参数详解
- 2019梅江(天津)年货展销会启幕
- layui下select大数据卡顿问题
- java snakeyaml_java – 使用SnakeYAML的嵌套构造
- 协调端到端的供应链管理——SCM
- Myeclipse 10破解run.bat和cracker.jar打不开的问题
- 快速配置无线模块连入家庭Wifi
- 立此存照:杨振宁 VS 邓稼先 (转贴)
- SSAO与HBAO学习笔记(持续改进)
- mysql 表锁和行锁
- 概率论02-概率,古典概型
- ThreadLocal如何保证获取到想要线程变量
- 云计算-云平台-国产-华为-FusionSphere
- 选择一个手持式频谱分析仪 需要参考哪些条件
- VR全景展示,全景VR如何制作,如何制作高质量VR全景图!
- GeckoFX 在winform中的简单应用
- 通过正则表达式过滤html标签