基因家族分析⑤：进化树构建

在④中，我们已经得到了甘蓝中的几丁质酶基因家族序列，用任意一个序列在NCBI上对拟南芥数据库进行BlastP，在EnsemblPlants数据库中对白菜数据库进行BlastP（Brassica_rapa_ro18 - Ensembl Genomes 53），对得到的序列ID进行优化，白菜的蛋白ID改成该蛋白对应的基因ID，如 Bra022475；拟南芥的蛋白ID，改成其TAIR上的基因格式，例如AT2G43600；

将得到的拟南芥、白菜、甘蓝几丁质酶基因家族蛋白序列，合并在一个文档中，进行进化树构建：

打开MEGA7

输入合并后的蛋白序列：

全选之后，点击W——alignment

进行序列比对

比对完成后，点击Data——Phylogenetic analysis进行进化树分析，随后将页面最小化，回到MEGA7主页

点击箭头所示按钮，在弹出的下拉按钮中，选择第二个：邻接法构建进化树

点击YES——再在弹出的窗口中点击complete，完成进化树的构建

如上图，得到最基础的进化树，也是最难看的进化树了~~~~

为了让进化树更美观，我们选择用ITOL进行美化，不过，由于ITOL没有构建进化树的功能，因此首先需要输出MEGA7构建的进化树，：

点击File，在弹出的下拉窗口中选第二个：export current tree（newick）

将进化树输出为Newick格式

打开ITOL主页：iTOL: Interactive Tree Of Life

点击Upload：输入刚刚进化树的Newick格式文件：

自命名进化树名称，关于ITOL的使用，还需要接下来的学习，现在还不会。

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