BioPython安装与入门
BioPython简介
Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。
Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的 资源库,包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。一般来讲,Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及 类,从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST, Clustalw, FASTA, Genbank...),访问在线的服务器(NCBI,Expasy...),常见和不那么常见程序的接口(Clustalw, DSSP,MSMS...),标准的序列类,各 种收集的模块,KD树数据结构等等,还有一些文档。
BioPython主要功能
- 将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构,包含以下支持的格式:
- Blast输出结果 – standalone和在线Blast
- Clustalw
- FASTA
- GenBank
- PubMed和Medline
- ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite
- SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件
- UniGene
- SwissProt
- 被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。
- 处理常见的生物信息学在线数据库的代码:
- NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务
- ExPASy – Swiss-Prot和Prosite条目, 包括Prosite搜索
- 常见生物信息学程序的接口,例如:
- NCBI的Standalone Blast
- Clustalw比对程序
- EMBOSS命令行工具
- 一个能处理序列、ID和序列特征的标准序列类。
- 对序列实现常规操作的工具,如翻译,转录和权重计算。
- 利用k最近邻接、Bayes或SVM对数据进行分类的代码。
- 处理比对的代码,包括创建和处理替换矩阵的标准方法。
- 分发并行任务到不同进程的代码。
- 实现序列的基本操作,翻译以及BLAST等功能的GUI程序。
- 使用这些模块的详细文档和帮助,包括此文件,在线的wiki文档,网站和邮件列表。
- 整合BioSQL,一个也被BioPerl和BioJava支持的数据库架构。
BioPython安装:通过pip安装
(安装之前确定安装了anaconda或者miniconda或者pip)
pip install biopython
测试安装
import Bio
入门小实例
#!/usr/bin/env python3from Bio.Seq import Seq#create a sequence object
my_seq = Seq('CATGTAGACTAG')#print out some details about it
print ('seq %s is %i bases long' % (my_seq, len(my_seq)))
print ('reverse complement is %s' % my_seq.reverse_complement())
print ('protein translation is %s' % my_seq.translate())
参考资料
https://biopython.org/
https://biopython.org/wiki/Download
https://github.com/biopython
BioPython安装与入门相关推荐
- Python:Scrapy的安装和入门案例
Scrapy的安装介绍 Scrapy框架官方网址:http://doc.scrapy.org/en/latest Scrapy中文维护站点:http://scrapy-chs.readthedocs. ...
- windows下nodejs express安装及入门网站,视频资料,开源项目介绍
windows下nodejs express安装及入门网站,视频资料,开源项目介绍,pm2,supervisor,npm,Pomelo,Grunt安装使用注意事项等总结 第一步:下载安装文件 下载地址 ...
- TensorFlow 安装及入门
安装 入门 TensorFlow简介 基本操作 loading lazy 安装 上TensorFlow官网按照教程安装. 入门 以下学习内容follow这篇博客 TensorFlow简介 Tensor ...
- Ubuntu 18.04 安装 redis入门使用
Ubuntu 18.04 安装 redis入门使用 1.安装 sudo apt-get install redis-server 2.查看redis运行状态 ps -ef | grep redis 3 ...
- IDE之EcliPse:EcliPse软件的简介、安装、入门、使用方法之详细攻略
IDE之EcliPse:EcliPse软件的简介.安装.入门.使用方法之详细攻略 目录 EcliPse软件的简介 Eclipse特点 EcliPse软件的安装 EcliPse软件的入门 1.快捷键集合
- Python:Python多种集成开发环境(IDE,编译器)的简介、安装、入门、使用方法之详细攻略
Python:Python多种集成开发环境(IDE,编译器)的简介.安装.入门.使用方法之详细攻略 目录 Python多种编译器的简介.安装.入门.使用方法 1.Anaconda 2.ipython ...
- Postman:Postman简介、安装、入门使用方法详细攻略
Postman:Postman简介.安装.入门使用方法详细攻略 目录 Postman简介 Postman安装 Postman入门 1.图文教程 1.1.get案例 1.2.post案例 1.3.get ...
- Ansible 安装和入门
Ansible 安装和入门 Ansible安装 ansible的安装方法有多种 EPEL源的rpm包安装: [root@ansible ~]#yum install ansible 编译安装 yum ...
- [Python爬虫] scrapy爬虫系列 一.安装及入门介绍
前面介绍了很多Selenium基于自动测试的Python爬虫程序,主要利用它的xpath语句,通过分析网页DOM树结构进行爬取内容,同时可以结合Phantomjs模拟浏览器进行鼠标或键盘操作.但是,更 ...
- Git、TortoiseGit、GitHub、Gitee、GitLab 安装与入门使用
Git.TortoiseGit.GitHub.Gitee.GitLab 安装与入门使用 Git.TortoiseGit.GitHub.Gitee.GitLab 简介 Git TortoiseGit G ...
最新文章
- 请妥善保管自己的QQ等网络帐号
- C语言(CED)查找最接近的元素(分治法/二分查找):在一个非降序列中,查找与给定值最接近的元素。(递归实现)
- java异常不懂,看不懂的异常提示啊
- 一段简单的打印代码(c#)
- wpf tabitem 点击事件_Mindfusion教程:WPF中的Fishbone(Ishikawa)图
- Linux操作Oracle(1)——Linux下 Weblogic启动关闭方法
- Pytorch——批标准化(层归一化)
- 《嵌入式系统Linux内核开发实战指南(ARM平台)》书评
- C语言小程序——验证哥德巴赫猜想
- 来JavaEye两年了
- 模型预测控制(MPC)简介
- 金晨想在无人车上劈叉,撒贝宁与数字祝融号对话…这届百度世界大会,有被惊艳到...
- P6615 Kruskal + 构造
- 深度学习(六):炼数成金的Tensorflow教程学习笔记(含代码)
- 环境篇-Windows下安装OpenSSL
- 哈尔滨理工大学软件与微电子学院第八届程序设计竞赛同步赛(低年级)I 小乐乐切方块
- 沐风:如何创造更多的睡后收入?
- Mac连Wi-Fi时显示:“wifi有自分配的ip地址将无法接入互联网”解决方法
- 为什么美国程序员不用加班,而中国程序员就只能996?
- 软件驻场开发是什么?有什么好处