构建ML分子系统发育树如何分区

使用多基因构建ML树时，需要将不同基因分区，以保证各基因估算出不同的进化速率。如有5个基因，最少要分5区。

如有蛋白质基因（如CO1，H3），由于蛋白质3rd Coden 密码子的摆动性，需要将1st，2nd Coden分成一区，3rd Coden分成一区，用XX-XX\3的形式书写（相见RaxMl或IQTREE的使用说明）。

那么，如何判断蛋白质基因中每一个位点属于那个密码子位点呢？可以先看NCBI中translation字段给出的该基因翻译出的蛋白质编码，再用Seaview软件翻译对齐好的序列，看序列对齐的起点是哪里。如果Seaview结果与NCBI不一致，可尝试在序列前端添加若干“-”，直至翻译出的蛋白序列与NCBI的吻合（可以用Seaview的Creat Set功能辅助标记1st-2nd Coden位置）。这样，看原始第一个位点属于哪位密码子，则以后依此类推就能得出结论。

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