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生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

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R包下载
使用GEOquery包下载原始数据
芯片数据读取
GEOquery 下载并读取数据
提取GEO表达矩阵
提取GEO注释信息
提取GEO芯片样本及临床信息

前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

使用GEOquery 下载并读取数据

在R里使用GSE号和GEOquery包从GEO数据库上直接下载是最推荐使用下载方式

代码框一为精简模式。使用以上代码就可以将GSE42872数据下载到R里当前工作目录并赋值给eSet，下载完成后要注意检查数据文件的完整性

代码框二为各种较为复杂的情况。

library(GEOquery)
eSet <- getGEO("GSE42872", destdir = '.',  #下载在当前目录getGPL = F) #平台信息不要


1 加载包 ----
library(GEOquery)# 需引用的文献
citation(package = "GEOquery") 2 getGEO 含单个数据集 GSE5327
GSE5327_1 <- getGEO(GEO = "GSE5327", destdir = "geo", getGPL = F)
GSE5327_11 <- GSE5327_1[[1]]当已经下载好了series_matrix文件的时候可以用如下代码读取，避免了一步提取的步骤
GSE5327_2 <- getGEO(filename = "geo/GSE5327_series_matrix.txt.gz", getGPL = F)pd_GSE5327 <- pData(GSE5327_2)
#观察临床信息中的data processing,Microarray suite,MAS 5.0，即标准化方法，如果已经经过了MAS，一般情况下不需要再标准化了，避免矫枉过正3 当getGEO 含两个数据集 GSE3494 ----GSE3494_geo <- getGEO(GEO = "GSE3494", destdir = "geo", getGPL = F)
names(GSE3494_geo)expr_GSE3494_1 <- exprs(GSE3494_geo[[1]])
expr_GSE3494_2 <- exprs(GSE3494_geo[[2]])# GSE3494_geo_2 <- getGEO(filename = "geo/GSE3494_family.soft.gz", getGPL = F)
#读取soft格式的文件也不常用
#当确实没有series matrix格式的时候，只有soft格式的时候就不得不用soft格式GSMs <- names(GSE3494_geo_2@gsms)# tmp <- lapply(1:251, function(i) {
#   GSE3494_geo_2@gsms %>%
#     .[[i]] %>%
#     .@dataTable %>%
#     .@table %>%
#     select(1, 2) %>%
#     mutate(GSM = GSMs[i])
#   }) %>%
#   bind_rows() %>%
#   pivot_wider(names_from = GSM,
#               values_from = VALUE) %>%
#   arrange(ID_REF) %>%
#   column_to_rownames("ID_REF") %>%
#   as.matrix()head(tmp)[, 1:6]4 getGSEDataTables ----
用于下载geo页面的表格
GSE3494_table <- getGSEDataTables("GSE3494")summary(GSE3494_table)5 直接读取 GSE169267GSE169267 <- read_tsv("geo/GSE119267_processed_data.txt")6 getGEO GPL6480 ----##　AnnotGPL = T，用的是.gz的文件
GPL6480_1 <- getGEO("GPL6480", destdir = "geo", AnnotGPL = T)
GPL6480_11 <- Table(GPL6480_1)## AnnotGPL = F，用的是.soft的文件
GPL6480_2 <- getGEO("GPL6480", destdir = "geo", AnnotGPL = F)
GPL6480_21 <- Table(GPL6480_2)7 getGEOSuppFiles ----
## 直接下载文件到当前工作目录下
getGEOSuppFiles("GSE29450", makeDirectory = F, baseDir = "geo")## 仅获取下载链接
url_GSE29450 <-getGEOSuppFiles("GSE29450", fetch_files = F, makeDirectory = F)
url_GSE29450$url#### END

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