linux下载TCGA数据,好用的新版TCGA数据下载方法

1，摸索篇：

前几天开始了解TCGA数据库，想挖掘一下数据，先根据网上各种教程把你要下载的数据加入”购物车“，然后下载”manifest“，然后用官网推荐的GDC下载。于是我首先下载了linux版本的，结果需要linux库更新，结果我更新了半天，差点把系统搞崩溃。

2，下载篇：

于是放弃之，用windows版本，最后也一直没有成功，一直报错(报错了才知道是python报错，原来这个工具是用python写的？哇，python好强大，更要好好学习之)以为是系统不兼容，在群里问了才知道win10可以用，思来想去，可能是运行目录是中文目录，于是改之，可运行了。

3，升级篇：

现在可以下载了，可是问题是下载老是中断，无法忍受了(下载量小的windowns用户用此方法还是比较实用的)。这个时候看了一个帖子，就是我下载当天发的(太巧了！)于是我按图索骥，上面介绍用linux命令下载，但是那是个微信帖子(生信人转载的，感谢)，上面的下载脚本点不开，于是我只好自己弄(后来工作人员给我原文了下载了脚本)。于是我就根据帖子描述的方法，用wget下载：wget：wget https://gdc-api.nci.nih.gov/data/UUID -O 文件名

UUID和文件名可以根据manifest文件获取，然后用awk批量生成下载命令，也可使用download.py脚本下载(链接：https://github.com/methylation/knowledge 这里的download.py脚本就是下载脚本，另外parse_json.pl 脚本可能有点问题，我试了一下，转化不了，后面再优化一下脚本看看)

4，鸣谢：

感谢@sisigreen 你的坚持让我有了发帖的动力，后面转化ID部分还请赐教！谢谢！

版主dachong99留言:

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