centos7 r语言安装_R 和 RStudio 的安装及 R Profile 的配置 amp; 初识 R 语言数据爬取...
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本文更新至 R version 4.0.0 (2020-04-24)
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R 和 RStudio 的安装是非常简单的,这里提供一些安装 Tips。在文章的最后我还通过一个案例带大家走进奇幻的 R 世界。
视频讲解
这个视频讲解比较老了,但是还是有一定的参考学习价值的:
安装 R
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下载页面:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
❞
我安装的 R 语言是 R version 4.0.0 (2020-04-24)
,该发行版的名字是 Arbor Day
。
如果你已经安装了 R 和 RStudio,可以运行下面的语句查看自己 R 版本的版本名称:
# 查看自己 R 版本version$version.string#> [1] "R version 4.0.0 (2020-04-24)"
# 查看自己 R 版本的名称version$nickname#> [1] "Arbor Day"
根据自己的版本点击下面的链接即可直接下载 R 软件了(使用迅雷下载会很快):
- Mac 系统: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/macosx/R-4.0.0.pkg
- Windows 系统:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-4.0.0-win.exe
下载好之后一路安装即可。(如果你的电脑(Windows系统)是 32 位的,注意选择 32 的安装)。
Windows 用户:安装 Rtools:Windows 构建工具(Mac 用户请跳过)
好像只有 Windows 用户需要安装这个工具:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools40-x86_64.exe
如果你的电脑是 32 位的,下载这个安装:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools40-i686.exe
Mac 用户:安装 XQuartz(Windows 用户请跳过)
官网下载(很慢):https://dl.bintray.com/xquartz/downloads/XQuartz-2.7.11.dmg 从我的服务器上下载:https://tidyfriday.cn/assets/XQuartz-2.7.11.dmg
打开终端(Terminal)输入如下命令安装 homebrew:
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"# 如果安装失败,可以运行下面的代码安装/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://tidyfriday.cn/homebrew/install)"
安装 Xcode 工具(在终端运行):
xcode-select --install
安装 pkg-config 和 gdal(一些 R 包的依赖,在终端运行):
brew install pkg-configbrew install gdal
安装 RStudio Desktop(用迅雷下载会很快)
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下载页面:https://rstudio.com/products/rstudio/download/
❞
最新版的 RStudio 是 1.2.5042,各个版本的下载链接为(这个建议使用迅雷下载):
- Windows 系统:https://download1.rstudio.org/desktop/windows/RStudio-1.2.5042.exe
- Mac 系统:https://download1.rstudio.org/desktop/macos/RStudio-1.2.5042.dmg
注意
一定要先安装 R 再安装 RStudio!
安装常用的一些 R 包
可以运行下面的几句命令快速的安装一些 R 包,如果第一次安装失败,可以尝试把 dependencies = TRUE
参数删除重新运行一次试试。
# 安装 devtools install.packages("devtools")# tidyverse 系列的 R 包install.packages("tidyverse", dependencies = TRUE)# 安装 tinytexinstall.packages("tinytex", dependencies = TRUE)# 安装完成之后运行tinytex::install_tinytex()# 安装一些 RMarkdown 模板install.packages("rticles", dependencies = TRUE)install.packages("xaringan", dependencies = TRUE)
# 安装 Shinyinstall.packages("shiny", dependencies = TRUE)
# 安装我写的一些 R 包install.packages("hwordcloud", dependencies = TRUE)install.packages("hchinamap", dependencies = TRUE)install.packages("hpackedbubble", dependencies = TRUE)install.packages("sankeywheel", dependencies = TRUE)
# 安装最近用到的一些 R 包install.packages("sf", dependencies = TRUE)install.packages("prettydoc", dependencies = TRUE)install.packages("hrbrthemes", dependencies = TRUE)install.packages("tmap", dependencies = TRUE)install.packages('patchwork', dependencies = TRUE)install.packages('manipulateWidget', dependencies = TRUE)install.packages('ggthemes', dependencies = TRUE)install.packages('tidyquant', dependencies = TRUE)install.packages('rvest', dependencies = TRUE)install.packages('DT', dependencies = TRUE)install.packages("basetheme", dependencies = TRUE)install.packages("pacman", dependencies = TRUE)# 这些包是从我的服务器上安装的,如果安装失败就多试几次install.packages("https://tidyfriday.cn/pkg/ggchicklet_0.5.2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")install.packages("https://tidyfriday.cn/pkg/awtools_0.2.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")install.packages("https://tidyfriday.cn/pkg/ggrapid_0.0.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")install.packages("https://tidyfriday.cn/pkg/worldtilegrid_0.2.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")install.packages("https://tidyfriday.cn/pkg/ggtext_0.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
用一段时间之后你的电脑上就会安装一大堆 R 包,例如我电脑上安装的 R 包有 1709个
(截止 2020年5月1号)。
library(tidyverse)installed.packages() %>% as_tibble() %>% count() %>% pull() %>% paste("该电脑一共有", ., "个 R 包!") %>% message()#> 该电脑一共有 1709 个 R 包!
完整的名单(仅供参考):
installed.packages() %>% as_tibble() %>% select(Package, Version, License, Built) %>% DT::datatable()
安装字体
可以从知识星球上下载我电脑上安装的一些字体,链接:https://t.zsxq.com/3J6uBA6
解压后全选双击全部安装即可。
设置 R Profile
R Profile 里面的代码会在启动 R 的时候自动运行,创建 R Profile 文件可以使用:
usethis::edit_r_profile()
运行之后自动会打开一个文件,在里面输入你想要在 R 启动的时候自动运行的代码即可,可以参考我的:
❝
里面的字体设置非常重要,大家不要直接照搬这里的代码,要掌握里面字体设置的方法。关于 Windows 电脑的字体设置可以点击:https://t.zsxq.com/AQFUbau 跳转到知识星球学习。
❞
Windows 系统:
# 加载包pacman::p_load(ggplot2, dplyr, RColorBrewer, hrbrthemes, grDevices)
# 设定字体,特别注意里面有一个 enfont 和 cnfont 是我最常用的两个字体。windowsFonts( `Arial Narrow` = windowsFont("Arial Unicode MS"), `enfont` = windowsFont("Cascadia Code"), `cnfont` = windowsFont("宋体"), EconSansCndReg = windowsFont("Econ Sans Cnd"), IBMPlexSans = windowsFont("IBM Plex Mono"), IBMPlexSans = windowsFont("IBM Plex Sans"), `Public Sans` = windowsFont("Public Sans"), `Roboto Condensed` = windowsFont("Roboto Condensed"), `Roboto Slab` = windowsFont("Roboto Slab"), `Titillium Web` = windowsFont("Titillium Web"))enfont = "enfont"cnfont = "cnfont"
# 设定 ggplot2 绘图主题theme_set(theme_ipsum(base_family = 'enfont'))
# 这是设定 R 的基础绘图系统的绘图主题library(basetheme)pars "default")pars$palette "#2A363B", "#019875", "#99B898", "#FECEA8", "#FF847C", "#E84A5F", "#C0392B", "#96281B")pars$bg "white"pars$fg "gray20"pars$col "gray20"pars$col.main "black"pars$col.axis "gray20"pars$col.lab "gray20"pars$family "cnfont"pars$lab 10, 10, 7)pars$cex.axis 0.8pars$las 0pars$rect.border "black"pars$rect.lwd 4basetheme(pars)
# 取消科学计数法的显示options(scipen = 1)
# 设定 ggplot2 的默认调色板options( ggplot2.continuous.colour = "viridis", ggplot2.continuous.fill = "viridis")
Mac 系统参考:
# 加载包pacman::p_load(ggplot2, dplyr, RColorBrewer, hrbrthemes)print("已加载 ggplot2、reshape2、dplyr、hrbrthemes 和 RColorBrewer!")
# 为了以后方便以后调用这些字体,我把我喜欢用的一些字体存储成一些简单的单词。enfont = "CascadiaCode-Regular"cnfont = "SourceHanSerifSC-Medium"pomofont = "MLingWaiMedium-SC"
# 设定 ggplot2 绘图主题theme_set(theme_ipsum(base_family = enfont))print("已 ggplot2 绘图主题为 theme_ipsum()!")
# 这是设定 R 的基础绘图系统的绘图主题library(basetheme)pars "default")pars$palette "#2A363B", "#019875", "#99B898", "#FECEA8", "#FF847C", "#E84A5F", "#C0392B", "#96281B")pars$bg "white"pars$fg "gray20"pars$col "gray20"pars$col.main "black"pars$col.axis "gray20"pars$col.lab "gray20"pars$family pars$lab 10,10,7)pars$cex.axis 0.8pars$las 0pars$rect.border "black"pars$rect.lwd 4basetheme(pars)
# 取消科学计数法的显示options(scipen = 1)
# 设定 ggplot2 的默认调色板options( ggplot2.continuous.colour = "viridis", ggplot2.continuous.fill = "viridis")
注意上面的 pars$family 里面的字体应该使用你设置好的字体。
这样设定好之后再重启 R 即可生效(记得按 Ctrl + S 保存)。
基于这种设定,使用 R 基础绘图系统绘图的结果将会是这样的:
hist(iris$Sepal.Length)
使用 ggplot2 绘图的结果是这样的:
library(ggplot2)ggplot(iris) + geom_col(aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, fill = Species, color = Species)) + tidyquant::scale_fill_tq() + tidyquant::scale_color_tq()
设置 RStudio 的样式
我比较喜欢暗黑一些的样式,在 Console 运行下面的代码即可更换为我推荐的主题:Mojave-Dark-RStudio-Theme
rstudioapi::addTheme("https://tidyfriday.cn/assets/Mojave%20Dark%20(Static).rstheme", apply = TRUE, force = TRUE)
这个主题是这样的:
一个小的练习:爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题
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大家可以先不用急着理解下面的代码。只想想通过下面的案例让大家感受 R 语言的语法逻辑和绘图的精美。
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可以爬清华镜像源的列表:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages/available_packages_by_date.html
显然,这是个表格,很容易爬取:
library(rvest)library(tidyverse)# lubridate 是处理日期的一个 R 包library(lubridate)library(hrbrthemes)
# 需要耐心地等待一会儿pkg "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages/available_packages_by_date.html" %>% read_html() %>% html_table() %>% .[[1]] %>% as_tibble() %>% mutate( Date = ymd(Date), Year = year(Date), Month = month(Date) )
library(ggchicklet)pkg %>% group_by(Year, Month) %>% count() %>% ggplot(aes(x = factor(Year), y = n)) + geom_chicklet(aes(fill = factor(Month)), width = 0.75, radius = grid::unit(3, "pt")) + theme_ipsum(base_family = enfont, grid = "X") + coord_flip() + scale_fill_brewer(name = "Month", palette = "Paired", breaks = 1:12, labels = month.name) + theme(axis.text.x = element_text(color = "gray60", size = 10)) + theme(legend.position = "right") + guides(fill = guide_legend(ncol = 1)) + labs( title = "Number of R packages on CRAN", subtitle = "Created by TidyFriday @ tidyfriday.cn", caption = "Data Source: \nhttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/", x = "", y = "")
按年统计:
pkg %>% group_by(Year) %>% count() %>% ggplot() + geom_chicklet(aes(x = factor(Year), y = n, fill = factor(Year))) + geom_label(aes(x = factor(Year), y = n + 200, label = n), family = enfont, color = '#444444', label.size = 0, size = 3) + scale_fill_manual( values = c(RColorBrewer::brewer.pal(5, "Paired"), RColorBrewer::brewer.pal(10, "Paired")) ) + theme_ipsum(base_family = enfont) + theme(legend.position = "none") + labs( title = "Number of R packages on CRAN", subtitle = "Created by TidyFriday @ tidyfriday.cn", caption = "Data Source: \nhttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/", x = "", y = "")
可以看到,今年截止到今天,CRAN 上一共有 15584 个 R 包,今年新发布的 + 更新的有 4008 个!
附录
「为了让大家更快熟悉 RStudio 这个 IDE(集成开发环境),我为大家提供了一份 RStudio 的速查表。在公众号后台回复 rstudio 即可获取下载链接~」
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