2、基因树 与物种树的关系及建树
1、基因树(Gene tree): 当一个分子系统树是根据某一个基因数据构建而来的,称为基因树.
2、物种树(Species tree): 是指代表一组物种进化过程的系统树.
3、基因树与物种树的关系
分子系统学的目的,就是通过分子树来推测物种树.在许多情况下这两者是一致的。
基因树与物种数的冲突原因:1、随机误差 2、系统误差(不同物种中进化速率存在差异) 3、生物学因素 参考:http://www.docin.com/p-959573225.html
4、建树方法:(参考:https://wenku.baidu.com/view/54bd36d6360cba1aa811dad5.html)
4.1 基于距离
UPGMA法 (unweighted pair group method using arithmetic average)
邻接法NJ法 (neighbor joining method) 即NJ 法
4.2 基于特征
最大简约法(Maximum Parsimony Method) 即MP法
最大似然法(Maximum Likelyhood Method) 即ML法
贝叶斯法(bayesian inference )即 BI 法
5、进化树可靠性评估
5.1 boostraping method (自展性支持率)
对于ML法,自展法太耗费时间;可以用 aLRT检验进化树的可靠性。
5.2 posterior probability(后验概率)
6、构建进化树的软件和方法
常用软件 参考:https://www.jianshu.com/p/f9dfd9132c3e
https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html (phyml)
进化树构建流程:获取数据 >> 数据矩阵排列 >> 进化模型的选择 >> 系统发育树的构建 >> 系统发育树的构建
转载于:https://www.cnblogs.com/renping/p/11120478.html
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