如何利用linux分析转录组数据库,转录组分析(8)----批量处理脚本了解一下
批量下载SRA文件:
提交到服务器版本
vim for.shcript
#BSUB -n 16
#BSUB -q priority
#BSUB -o for.log
for i in `cat sra_acc.txt`;do
x=$(echo $i | cut -b1-6)
y=$(echo $i | cut -b1-3)
ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T
-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra
.
done
运行命令:bsub < for.script
Shell版本:
vim for.sh.........
for i in `cat sra_acc.txt`;do
x=$(echo $i | cut -b1-6)
y=$(echo $i | cut -b1-3)
ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T
-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra
.
done
运行命令:bash for.sh
其中sra_acc.txt为SRA数据的列表文件。
批量质控脚本:
提交到服务器上的脚本
vim fastq-dump.script
#BSUB -n 16
#BSUB -o fastq-dump.log
for i in *sra
do
echo $i
/gss1/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump
--split-3 --gzip $i
done
~
运行命令:bsub
shell版本:
vim fastq-dump.sh
for i in *sra
do
echo $i
/gss1/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump
--split-3 --gzip $i
done
运行命令:bash fastq-dump.sh
批量转比对脚本:
#BSUB -q priority
#BSUB -o hisat.log
for i in *.fastq.gz;do
names=${i%_*}
UB -n 16
#BSUB -q priority
##BSUB
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