nmds与mds的区别_PCA、PCoA、NMDS、CCA、RDA傻傻分不清楚
相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析。它们对物种(或基因、功能)的分析具有重要作用,因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。
那么你知道这些分析之前到底有什么区别吗?在什么情况下应该用什么分析呢?今天小编就给大家讲讲其中的奥秘。
首先,以上分析本质上都属于排序分析(Ordination analysis)。排序(ordination)的过程就是在一个可视化的低维空间(通常是二维)重新排列这些样方,使得样方之间的距离最大程度地反映出平面散点图内样方之间的关系信息。常用的排序方法如下:
1、只使用物种组成数据的排序称作非限制性排序(unconstrained ordination)
(1)主成分分析(principal components analysis,PCA)
(2)对应分析(correspondence analysis, CA)
(3)去趋势对应分析(Detrended correspondence analysis, DCA)
(3)主坐标分析(principal coordinate analysis, PCoA)
(4)非度量多维尺度分析(non-metric multi-dimensional scaling, NMDS)
2、同时使用物种和环境因子组成数据的排序叫作限制性排序(constrained ordination)
(1)冗余分析(redundancy analysis,RDA)
(2)典范对应分析(canonical correspondence analysis, CCA)
让我们来仔细看看PCA与PCoA分析:
在非限制性排序中,16S和宏基因组数据分析通常用到的是PCA分析和PCoA分析。两者的区别在于:PCA分析是基于原始的物种组成矩阵所做的排序分析,而PCoA分析则是基于由物种组成计算得到的距离矩阵得出的。在PCoA分析中,计算距离矩阵的方法有很多种,例如图1所示的Euclidean, Bray-Curtis, and Jaccard,以及图2显示的(un)weighted Unifrac (利用各样品序列间的进化信息来计算样品间距离,其中weighted考虑物种的丰度,unweighted没有对物种丰度进行加权处理)。
图1 Euclidean, Bray-Curtis, and Jaccard PcoA图图2 (a) weighted Unifrac PCoA分析PCoA1维度将根内样品与根周边和土壤样品很好的分开;而PCoA2能够将不同土壤的样品很好的区分开来;(b)用pairwise-Bray-Curtis相似度对样品进行聚类。
再来看看CCA与RDA分析:
限制性排序主要有CCA分析和RDA分析。RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。一般我们会选择CCA来做直接梯度分析。但是,如果CCA排序的效果不太好,就可以考虑换做用RDA分析。RDA或CCA选择原则:先用species-sample资料做DCA分析,看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小,如果大于4.0,就应选CCA;如果在3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可;如果小于3.0, RDA的结果要好于CCA。图3是CCA分析图,图中箭头代表不同的环境因子,射线越长表示该环境因子影响越大。环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关关系,钝角时呈负相关关系。
图3 CCA分析图箭头代表不同的环境因子,射线越长表示该环境因子影响越大。环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关关系,钝角时呈负相关关系。
读完这些,您理解了PCA、PCoA、NMDS、CCA、RDA之间的区别和联系吗?是不是觉得很涨姿势呢?
nmds与mds的区别_PCA、PCoA、NMDS、CCA、RDA傻傻分不清楚相关推荐
- 房贷等额本金和等额本息有什么区别,为何很多人傻傻分不清?
等额本金和等额本息是房贷最常见的两种还款方式,但两者却有很多差别,而且很多人对如何区分等额本息和等额本金云里雾里,傻傻分不清. 其实要区分等额本金和等额本息也很简单. 首先我们来说下等额本金. 所谓等 ...
- 信息学奥赛对大学计算机专业,区别大盘点:信息学竞赛、信息学奥赛、NOI和IOI傻傻分不清楚...
原标题:区别大盘点:信息学竞赛.信息学奥赛.NOI和IOI傻傻分不清楚 信息学(Informatics)一词在很多场合是计算机科学(Computer Science)的代称. 在中国大陆地区,特别是中 ...
- 别再傻傻分不清:工业物联网关与PLC采集网关的区别了
工业物联网关与PLC采集网关的区别 工业物联网网关是指支持多种协议转换且可以接入工业物联云平台的网关,比如下行支持DLT645.Modbus协议,上行支持Thingsboard.Azure.AWS.华 ...
- 【单片机】傻傻分不清?ISP和SPI的区别与联系
在折腾单片机的时候,总会听到ISP.SPI等缩写,这两组缩写甚至连字母都是一样的,但其实这两个缩写的含义并不相同,但又有联系(尤其是在烧录单片机的时候). 本文尝试介绍这两者的定义,区别与联系.ISP ...
- wifi是计算机网络技术吗,WIFI就是WLAN吗,二者有啥关系与区别?别再傻傻分不清楚了...
原标题:WIFI就是WLAN吗,二者有啥关系与区别?别再傻傻分不清楚了 现在大家上网或许都会使用手机流量或者是WiFi,而伴随着我们大多数人上网频率越来越频繁,手机所使用的流量可能就会越来越多,而这就 ...
- 计算机及网络系统联调和试运行,别再傻傻分不清试运行、试运营和正式运营的区别了!...
原标题:别再傻傻分不清试运行.试运营和正式运营的区别了! 随着轨道交通线路的不断建设与发展,不同线路试运行.试运营诸如此类字眼不断进入大众眼球.除一些在相关行业工作的小伙伴们比较清楚试运行.试运营以及 ...
- fastica和pca区别_PCA与ICA
关于机器学习理论方面的研究,最好阅读英文原版的学术论文.PCA主要作用是数据降维,而ICA主要作用是盲信号分离.在讲述理论依据之前,先思考以下几个问题:真实的数据训练总是存在以下几个问题: ①特征冗余 ...
- 一口气说出 过滤器 和 拦截器 6个区别,别再傻傻分不清了
周末有个小伙伴加我微信,向我请教了一个问题:老哥,「过滤器 (Filter) 和 拦截器 (Interceptor) 有啥区别啊?」 听到题目我的第一感觉就是:「简单」! 毕竟这两种工具开发中用到的频 ...
- 分库、分表、分区的区别,傻傻分不清?
一.分分合合 说过很多次,不要拘泥于某一个技术的一点,技术是相通的.重要的是编程思想,思想是最重要的. 当数据量大的时候,需要具有分的思想去细化粒度.当数据量太碎片的时候,需要具有合的思想来粗化粒度. ...
- 查询各个分区的数据量_分库、分表、分区的区别,傻傻分不清?
作者:GrimMjxwww.cnblogs.com/GrimMjx/p/11772033.html 一.分分合合 说过很多次,不要拘泥于某一个技术的一点,技术是相通的.重要的是编程思想,思想是最重要的 ...
最新文章
- webpack打包路径更改_扫盲: Webpack 从扫盲到手撸(上)
- 破解世界性技术难题! GTS让分布式事务简单高效
- 【CTR预估】CTR模型如何加入稠密连续型和序列型特征?
- ES6(二)——字符串模板、标签模板字符串、函数的默认参数、剩余参数、数组对象的展开语法、数值的表示、Symbol
- 【计算机网络】物理层设备
- Codeforces Round #445 div.2 D. Restoration of string 乱搞
- Pandas dtypes(数据类型)
- 你看那个人他像一条狗
- Python3 批量创建文件、修改文件名及回滚操作
- 3.第一本 docker 书 --- docker 网络
- 2019大一下学期第九周总结
- 软件工程期末试题及答案(史上最全)
- SoundPool详解
- 电路串联和并联图解_串联电路和并联电路
- K60 FTM定时器 定时中断
- 什么是储蓄池抽样(Reservoir Sampling)算法?
- Map container is already initialized.
- 如何系统的学习linux?
- java 读取浏览器_JAVA读取文件流,设置浏览器下载或直接预览操作
- 输入在第一行中给出一个正整数n(1)。第二行输入n个整数,用空格分开。在一行中输出最大值及最大值的最小下标,中间用一个空格分开。
热门文章
- java 打印 xps_使用PrintTicket打印XPS,OutputColor PagesPerSheet无效
- 记录一下阿里云购买域名遇到的坑
- SQL注入漏洞-MySQL盲注
- Ubuntu16.04安装微软字体库
- web前端学习第三周
- 2020 IJCAI 接受论文 list 分类排列(三)
- 微信小程序获取openId,传参问题导致参数无效(errcode: 40013、errcode:40125、errcode“:40029)
- C语言练习题:输入一行字符,统计其中的英文字符、数字字符、空格和其他字符的个数。
- 51单片机单片机基础知识
- iOS开发中对音效和音乐播放的简单实现