使用 f2py 包装 Fortran MPI 程序

本文从本人简书博客同步过来

在上一篇中我们介绍了用 Boost.Python 包装 C++ 语言 MPI 程序以供 mpi4py 调用的方法，下面我们将介绍使用 f2py 包装 Fortran MPI 程序的方法。

f2py (Fortran to Python interface generator) 是 numpy 中自带的一个 Fortran 到 Python 的接口生成工具，支持 Fortran 77/90/95，可以使用它将 Fortran 程序包装成可供 Python 调用的扩展模块。感兴趣的读者可以参考其文档，这里不多作介绍。我们只会以简单的例子展示如何使用 f2py 包装 Fortran MPI 程序以供 mpi4py 调用。

假设我们有以下 Fortran 程序文件 helloworld.f90，其中定义了子例程 sayhello，其接受一个 MPI 通信子作为参数。

! helloworld.f90
!
! $ f2py --f90exec=mpif90 -m helloworld -c helloworld.f90
!subroutine sayhello(comm)use mpiimplicit noneinteger :: comminteger :: rank, size, nlen, ierrcharacter (len=MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) :: pnameif (comm == MPI_COMM_NULL) thenprint *, 'You passed MPI_COMM_NULL !!!'returnend ifcall MPI_Comm_rank(comm, rank, ierr)call MPI_Comm_size(comm, size, ierr)call MPI_Get_processor_name(pname, nlen, ierr)print *, 'Hello, World!', &' I am process ', rank, &' of ', size, &' on ', pname(1:nlen), '.'
end subroutine sayhello! program main
!   use mpi
!   implicit none
!   integer ierr
!   call MPI_Init(ierr)
!   call sayhello(MPI_COMM_WORLD)
!   call MPI_Finalize(ierr)
! end program main

要将其编译成扩展模块 helloworld.so 以供 mpi4py 程序调用，我们可以使用类似于以下的命令一步到位：

$ f2py --f90exec=mpif90 -m helloworld -c helloworld.f90

其中 -m 指定模块名，-c 指明编译和重建扩展模块。

但是 f2py 文档中推荐使用以下两步走的方案：

首先通过以下命令产生一个 signature 文件 helloworld.pyf：

$ f2py -m helloworld -h helloworld.pyf helloworld.f90

生成的 signature 文件如下：

!    -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.python module helloworld ! in interface  ! in :helloworldsubroutine sayhello(comm) ! in :helloworld:helloworld.f90use mpiinteger :: commend subroutine sayhelloend interface
end python module helloworld! This file was auto-generated with f2py (version:2).
! See http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e/

可以根据需要手动编辑所产生的 signature 文件（一般情况下不用作任何编辑也能正常工作）。作为一个简单的例子，我们在 integer :: comm 这一句中加上 intent(in)，使 helloworld.pyf 变成如下：

!    -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.python module helloworld ! in interface  ! in :helloworldsubroutine sayhello(comm) ! in :helloworld:helloworld.f90use mpiinteger intent(in) :: commend subroutine sayhelloend interface
end python module helloworld! This file was auto-generated with f2py (version:2).
! See http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e/

然后使用以下命令生成扩展模块：

$ f2py –f90exec=mpif90 -c helloworld.pyf helloworld.f90

编译成功后会生成扩展模块 helloworld.so，然后就可以在我们的 mpi4py 程序中像使用其它 Python 模块一样导入该模块并调用该模块中定义的 sayhello 函数，可以向此函数传递一个 mpi4py 中定义的通信子，如 MPI.COMM_WORLD 或者其它通信子对象。例如使用以下的 test 例程：

# test.pyfrom mpi4py import MPI
import helloworld as hwnull = MPI.COMM_NULL
fnull = null.py2f()
hw.sayhello(fnull)comm = MPI.COMM_WORLD
fcomm = comm.py2f()
hw.sayhello(fcomm)try:hw.sayhello(list())
except:pass
else:assert 0, "exception not raised"

执行结果如下：

$ mpiexec -n 4 python test.py
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process            0  of            4  on node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process            1  of            4  on node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process            2  of            4  on node2.
You passed MPI_COMM_NULL !!!
Hello, World! I am process            3  of            4  on node2.

以上的过程直接编译出了扩展模块，如果想得到或看看扩展模块的源文件，可以使用如下命令：

$ f2py -m helloworld helloworld.f90

该命令会生成扩展模块源码文件 helloworldmodule.c，感兴趣的读者可以打开看看。当然如果你愿意的话也可以用一个 C 编译器手动地将此源文件编译成一个扩展模块。

为了方便，我们也可以编写如下 Makefile 以简化上述操作（注意其中使用了在上一篇中介绍的 python-config 文件）：

# Makefile.PHONY: default
default: build test cleanPYTHON  = python
PYTHON_CONFIG = ${PYTHON} ./python-configMPIF90 = mpif90
F2PY = f2py
SO = ${shell ${PYTHON_CONFIG} --extension-suffix}
.PHONY: build
build: helloworld${SO}
helloworld${SO}: helloworld.f90${F2PY} --f90exec=${MPIF90} -m helloworld -c $<MPIEXEC = mpiexec
NP_FLAG = -n
NP = 5
.PHONY: test
test: build${MPIEXEC} ${NP_FLAG} ${NP} ${PYTHON} test.py.PHONY: clean
clean:${RM} helloworld${SO}

编译扩展库，执行程序及清理可以分别使用如下命令：

$ make build
$ make test
$ make clean

以上我们介绍了用 f2py 包装 Fortran 语言 MPI 程序以供 mpi4py 调用的方法，可以看到包装 C， C++，Fortran 等其它计算机语言的 MPI 程序供 mpi4py 调用是比较容易的，其实反过来将 mpi4py 程序嵌入其它计算机语言中也不难，在下一篇中我们将介绍在 C 语言程序中嵌入 mpi4py 程序的方法。

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