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手把手教你做单细胞测序数据分析

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细胞通讯

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拟时序分析

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依次学完下面的内容,3~5分的SCI随便水(当然也不要真的去水文章)

单细胞数据分析系列教程:

B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:

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单细胞测序基础数据分析保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析

上游fastq文件处理:

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner

有奖提问,这个smart-Seq2数据实战的比对率为何如此低?

细胞通讯

B站连续播放起来比较方便:

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往期推送

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析

给你们申请到了免费的128GB云服务器

拟时序分析

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往期推送

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》1.概论

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》2.monocle概论

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》3.monocle2实操:完整版

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》4.初识monocle3

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.monocle3的降维、分群、聚类

其他单细胞相关技术贴也在这里:

细胞的数量由誰决定?

单细胞中应该如何做GSVA?

答读者问(三):单细胞测序前景

答读者问(四):如何分析细胞亚群

答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问(八):为什么Read10X也会报错?

答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?

答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?

给你安排一个懂生信的工具人(十):不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析:Loupe Browser

什么?不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润?

答读者问 (十三)查看Seurat对象时的ERROR:type='text'

各类单细胞对象(数据格式)转换大全(一)

批量整理好GEO中下载的单细胞数据

答读者问 (十四)Seurat中分类变量处理技巧

答读者问 (十五)稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策

答读者问 (十六)做单细胞测序到底需要多少内存

答读者问 (十七)调用的线程越多就算的越快嘛?

单细胞文献阅读:

文献阅读(三)、单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化

文献阅读(四)、单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异

文献阅读(六)、小鼠全肾单细胞测序开篇之作

文献阅读(七)、一篇不花钱就能白嫖的文章

文献阅读(八)、不会吧不会吧,Nature都能白嫖?

文献阅读(十一)、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱

文献阅读(十二)、IgAN & STRT-Seq

文献阅读(十三)、老树开新花——EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq

文献阅读(十五)、癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生

文献阅读(十八)、紧跟生信"钱"沿,胰腺癌&免疫多模态图谱

文献阅读(十九)、原发头颈癌和肿瘤转移微生态

非技术帖:

关于单细胞的事 谈谈后面的计划

趁机预告一波

有关提高"Biomamba 生信基地"运行效率事宜

生信分析为什么要使用服务器?

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