Heat Map在生物信息学中的应用
Heat Map在生物信息学中的应用
Heat Map简介
Heatmap 可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息，它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。常根据需要将数据进行聚类，将聚类后的数据表示在heatmap 图上，通过颜色的梯度及相似程度来反映数据的相似性和差异性。 热图是展示基因表达差异非常直观的方法，很多R语言包如pheatmap，ggplot2,gplots都可以用来绘制热图。
Heat Map在生物学中的应用
生物学中热图经常用于展示多个基因在不同样本中的表达水平。然后可以通过聚类等方式查看不同组（如疾病组和对照组）特有的pattern。热图还可以用于展示其他物质的丰度比如微生物的相对丰度、代谢组不同物质的含量等等。当然，另一个热图的重要用处就是展现不同指标、不同样本等之间的相关性。由于热图的可视化结果比较直观明了，因此，常常应用于生物医学乃至生命科学的各类分析中。
图片解读：根据TCGA BRCA数据集中的30个样本生成的热图。 左上角从紫色到红色的带表示基因表达水平从低到高。 根据样品基因表达之间的相关性，将样品的树状图（顶部）聚集为两个部分，然后分别进行标记。 分类注释栏（热图上方）显示了年龄，TN，HER2，PR和ER的注释。 左侧的色条（绿色至红色和橙色至白色）分别显示了三阴性患者与非三阴性患者的对数倍数变化和对数-log10 P 值。
热图制作方法可参考
Heat Map作图代码及方法https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f
Heat Map在生物信息学中的应用相关推荐
- 风险热度地图(Risk heat map)
ISO 31000 "风险评估/分析"是什么意思? 请注意,在CISSP 考试大纲.OSG 和NIST 中,风险评估和风险分析被视为同义词,通常表示为"风险评估/分析&q ...
- 网站点击热图（Heat Map）
网站分析通过统计点击流数据及网站产生的其他各类数据,提供各种数据报表来监控网站的运营状态,为网站的优化和改进提供参考依据.但网站分析能提供的绝不仅有数据,其中点击热图(Heat Map)是对网站分析的 ...
- matplotlib学习笔记（3）---热力图(Heat Map)
matplotlib学习笔记(3)-热力图(Heat Map) import matplotlib.pylab as plt import seaborn as sns import numpy as ...
- Nat. Mach. Intell. | 集成深度学习在生物信息学中的发展与展望
本期给大家介绍悉尼大学Jean Yang教授课题组发表在Nature machine intelligence的文章"Ensemble deep learning in bioinforma ...
- 计算机算法在生物信息学中的应用,计算机算法在生物信息学中的应用综述.doc...
计算机算法在生物信息学中的应用综述 摘 要:在人类基因组计划的推动下,生物信息学得到了人们的广泛关注,并呈现出数量多.计算量大等鲜明特征,因此要求在生物信息学中采用计算机算法,以提高生物信息学处理问题 ...
- matlab中-psi_建议收藏 | 生物信息学中的可变剪切，这些内容你了解吗？
聊点学术 声明:非常感谢Carina投稿至公众号,全文由Carina撰写,主要对生信的可变剪切相关内容作了一定的梳理. 检索TCGA中可变剪切的相关文献,虽然总数量并不多,但是其在2019年猛增为49 ...
- java map遍历_Java中Map集合的两种遍历方式
Java中的map遍历有多种方法,从最早的Iterator,到java5支持的foreach,再到java8 Lambda,让我们一起来看下Java中Map集合的两种遍历方式! 关于遍历Map集合的几 ...
- 计算机算法在生物信息学中的应用,引力场算法及其在生物信息学中的应用
引力场算法及其在生物信息学中的应用 [摘要]:优化算法是当今的重要研究课题,能够从海量数据中获得所需最优解,也是极具挑战的工作.优化算法可定义如下:给定某一待解问题,求该问题的最优解,此问题一般以N元 ...
- 计算机算法在生物信息学中的应用,生物信息学在系统发育分析中的应用（自己原创） - 生物科学 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...
摘要:生物多样性的价值越来越被人们所认识与利用.生物多样性的原因是生物进化的过程中,物种和物种之间.物种和无机环境之间共同进化形成结果.对生物进行系统发育分析可以发现它们之间的亲缘关系及进化过程,从而 ...
- 计算机科学在生物信息中的应用,计算机科学在生物信息学中的应用
生物信息学 计算机科学在生物信息学中的应用 万卫兵 ①施鹏飞 摘 要 生物信息学是一门新兴的交叉学科,计算机科学如何更快更好地发挥其在生物信息学中的作用是计算机研究和开发人员面临的一个重要的新课题.本 ...
最新文章
- R语言基于模拟退火（Simulated Annealing）进行特征筛选（feature selection）
- DataFrame/Series获取列名以及更改列名(转)
- 循环神经网络 递归神经网络_了解递归神经网络中的注意力
- 北京师大网络教育计算机离线作一,2015北师大网络教育《计算机应用基础》离线作业2精选.doc...
- 理解CapsuleNetwork2
- Anaconda 下各种第三方库的安装
- 排序算法之 插入排序
- 我的第一次随笔——胡桂玲
- 清代考生是如何作弊？很是牛啊！
- 【性能测试】JSON工具 对比 fastjson jackson
- 网易交互设计师微专业C3 规范信息架构与流程设计
- web开发环节，阿里前端工资多少
- 360P2建html网站,360 P2路由器密码怎么设置？
- NetFPGA-SUME上电测试
- 如何计算对数收益率和净值化转换
- sklearn的使用案例（以load_breast_cancer数据集为例）
- 计算机显示没有可以的ip地址,w7电脑提示没有有效ip地址怎么处理
- 2021牛年大吉，红包敬上
- 如何使用OpenAI API和Python SDK构建自己的聊天机器人
- 配置gpgpu-sim——基于ubuntu12.04LTS