一、简介

HMMER通常与已构建好的HMM数据集一起使用，例如Pfam以及Interpro收纳的一些数据库。同时HMMER也可以像BLAST一样使用查询序列，对序列数据库（非HMM数据库）进行检索。例如，您可以使用phmmer将一条蛋白质序列检索序列数据库（类似于BLASTP了），也可以用jackhmmer进行迭代检索。
HMMER依靠其潜在概率模型的强度，旨在尽可能敏感地检测远程同源序列。在过去，这种能力需要消耗很大的计算资源，但是在新的HMMER3中，HMMER现在基本上和BLAST一样快。
HMMER可以作为命令行工具进行本地下载和安装，现在也可以通过EBI的服务器在线访问。
本地下载地址：http://hmmer.org/
在线版本：http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/

操作系统环境：centos7.6

软件下载：

wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz

软件解压：

tar -xf hmmer-3.3.tar.gz

编译安装：

cd hmmer-3.3
./configure --prefix=/seu_share/apps/hmmer-3.3
make
make install

HMMER包含下面几个主要的程序:

phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；
jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；
hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；
hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；
hmmscan： 使用序列搜索HMM库；
hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；
hmmconvert： 转换HMM格式
hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；
hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；
hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；
hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；

HPC应用软件安装《hmmer》相关推荐

Intel® oneAPI Base Toolkit+Intel® oneAPI HPC Toolkit安装教程
Intel® oneAPI Base Toolkit+Intel® oneAPI HPC Toolkit安装教程 1.写在前面 2.工具包地址 3.Base Toolkit 4.HPC Toolkit ...
便签应用软件安装下载需要注意什么？
便签类应用软件是一种可以在工作.学习或生活中可以辅助到我们的辅助工具.通过便签软件可以起到记录待办事项,防止自己遗忘重要事情的作用.因为它的需求较高,所以出现了很多品牌的便签软件,便签应用软件安装下载 ...
Intel® oneAPI Base Toolkit+Intel® oneAPI HPC Toolkit安装教程+环境变量设置
安装过程主要参考:https://blog.csdn.net/qq_40180414/article/details/114540317 环境变量过程主要参考:https://blog.csdn.ne ...
计算机应用软件安装不了,win101903安装不了应用软件程序的解决方法 - 系统家园...
如果我们使用的计算机安装的是win101903版本系统的话,想要对我们的电脑进行应用程序安装的话,对于win101903安装不了应用软件程序的问题,小编觉得可能是因为我们电脑的安全级别设置过高导致的. ...
Windows 8系统平台上应用软件安装心得
1.ArcGIS 10.2安装需要单独安装.NET 3.5,GIS软件自带的.NET系统不识别,点击360云盘地址进行下载(提取码为:1ed3).(另外,Win8系统上安装.NET可以参考:http ...
计算机应用软件安装教程,计算机应用与网基础教程常用软件安装.ppt
计算机应用与网基础教程常用软件安装 [内容提示] 两者的区别是,"选项1"是将压缩文件直接解压,里面包含的所有文件都分布在当前目录,导致文件散乱,不便于管理,如中图所示,所以一般 ...
主流hpc应用安装之QE
1.xiazai Mkl库###自己注册账号 https://registrationcenter.intel.com/en/products/postregistration/?dnld=t& ...
计算机应用软件安装教程,电视应用安装器安装软件图文教程
电视应用安装器是一款由ZNDS智能电视网开发的安卓盒子与智能电视辅助软件,通过本此软件可以通过电脑来轻松管理智能电视和盒子,是一款非常实用的PC端电视辅助客户端工具. 软件名称:电视应用安装器软件版 ...
计算机操作系统安装与应用软件安装不了,电脑什么程序都不能安装了怎么办？...
操作本身是带有安装服务的,如果这些服务被禁止了或被损坏了,当然就安装不了应用程序,怎样启动或修复操作系统安装服务.操作系统只是一个平台,如果要让它更好地工作,必须安装其它相应的软件,如果安装软件时,却 ...

HPC应用软件安装《hmmer》