GO、KEGG富集分析实例讲解
“组学”、“数据挖掘”是近几年来我们经常听到的词汇,科研工作中也经常用到二代测序,不管送哪家测序公司进行测序或数据分析,结题报告中都会看到一个标准的分析套路:功能富集分析。说起功能富集分析,想必大家并不陌生,但要表述一下它的定义,又很少有人能回答的出(组会的时候,是不是经常会被导师这样cue到呢~~)。大部分科研工作者,对功能富集分析的最初了解,是从测序公司给我们的分析结果开始的。要知道朦朦胧胧的概念,就会导致对数据结果分析的不透彻,乃至不知如何让测序数据变得有意义。
功能富集分析是什么?GO和KEGG为何物?怎么做功能富集分析才是最准确的?今天,我们就从这几个问题出发,仔细跟大家讲讲功能富集分析的由来、定义,并带领大家进行一个实例操作。
链接网址:
https://david.ncifcrf.gov/
数据库中给的例子用的是基因探针,我们可以使用自己的基因列表:
链接内容:
https://metascape.org/gp/index.html
Enrichr由于数据库架构在国外站点,国内有些网端可能打不开:
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
一个典型go语言工作空间
bin/hello # command executableoutyet # command executable
pkg/linux_amd64/github.com/golang/example/stringutil.a # package object
src/github.com/golang/example/.git/ # Git repository metadatahello/hello.go # command sourceoutyet/main.go # command sourcemain_test.go # test sourcestringutil/reverse.go # package sourcereverse_test.go # test sourcegolang.org/x/image/.git/ # Git repository metadatabmp/reader.go # package sourcewriter.go # package source
GO、KEGG富集分析实例讲解相关推荐
- R语言|clusterprofile超几何分布富集分析 GO,KEGG富集分析,循环Fisher‘s test
超几何分布富集分析 GO,KEGG富集分析,循环Fisher's test ID转换 GO KEGG 把KEGG里的geneid转回名称(readable table) 超几何分布以及生成data f ...
- 如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析?
NGS 测序项目,不管是基因组测序,还是转录组测序,通常会得到一个基因列表,记录了基因突变,或者高/低表达量. 对成百上千甚至上万个基因进行解读,往往是困难的,对基因进行分组以帮助对数据的理解就非常有 ...
- 富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明
概念: 基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息(GO.KEGG)对基因进行聚类分析,即给定的基因是不是GO中的一个功能(或KEGG中的一个通路). 基因的功能富集的目的是说明给定的基因集对 ...
- 写一个KEGG富集分析的R语言代码
. 有很多方法可以在R语言中完成KEGG富集分析.这里是一个简单的代码示例: library(clusterProfiler) library(KEGG.db)# 读取基因列表 geneList &l ...
- GO和KEGG富集分析详细步骤
GO和KEGG富集分析 文章目录 GO和KEGG富集分析 @[toc] 1. 将差异表达结果的基因名称转化为id 2. GO富集分析 3. GO圈图绘制 4. KEGG富集分析 5. KEGG圈图绘制 ...
- go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)
介绍 生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见.目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护.例如D ...
- go kegg_GO,KEGG富集分析工具——DAVID
DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)是一个生物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系 ...
- 使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法
使用enrichKEGG做通路富集分析时,一直报错:显示No gene can be mapped.... k <- enrichKEGG(gene = gene, organism = &qu ...
- GO/KEGG富集分析与GSEA区别
概念: GO是基因本体联合会所建立的数据库,旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准.GO 提供了一系列的语义用于描述基因功能的概 ...
最新文章
- 使用JDBC改变Oracle的session參数 NLS_DATE_FORMAT
- python之simplejson,Python版的简单、 快速、 可扩展 JSON 编码器/解码器
- 域名抢注之乱象:投资的暴利,管理的漏洞
- mysql的主从复制原理
- java 获取文件权限_Java中的文件权限,检查权限和更改权限 - Break易站
- android客户端访问服务端,服务端返回json数据
- Libsvm分类步骤
- Intel超线程技术 Hyper-Threading Technology (7) - 最早的一篇超线程论文介绍
- 数组/指针,字符数组/字符串/指向字符的指针
- error LNK2019: 无法解析的外部符号 ,该符号在函数 中被引用
- python命令行安装pandas_python中安装pandas
- 计算机进管理提示找不到入口,如何解决Win10提示找不到入口点dllregisterserver
- 如何理解 Python 之禅:Explicit is better than implicit?
- 用java实现皮尔逊相关系数计算
- 什么是power bi
- GEE:基于GEE的单个湖泊的实时水体提取(以武汉东湖为例)
- 制作WINRE恢复光盘
- FPGA数字时钟系统-设计教程
- Win10+vs2017跑yolov3
- CPU性能测试工具-Linpack