stata两种方法制作限制立方条图

我们前面已经讲了怎么使用R语言制作限制立方条图，今天来讲讲怎么使用stata制作限制立方条图，参考了网上常见的两种做法，顺便比较一下做图出来的差异，然后在和R语言比较一下。
首先要导入stata的xblc包，我们可以打入命令

search xblc, net

安装后以后就可以制作了限制立方条图了，我们继续使用我们的乳腺癌数据来制作先把数据导入

我们先来看看数据：
age表示年龄，pathsize表示病理肿瘤大小（厘米），lnpos表示腋窝淋巴结阳性，histgrad表示病理组织学等级，er表示雌激素受体状态，pr表示孕激素受体状态，status结局事件是否死亡，pathscat表示病理肿瘤大小类别（分组变量），ln_yesno表示是否有淋巴结肿大，time是生存时间，后面的agec是我们自己设定的，不用管它。
假设我们想看年龄和生存率的关系：
第一种这种是参考丁香园版主统小计的做法，
首先使用使用四分位数来设置样条的节点

generate all=1
table all, c(freq p25 age p50 age p75 age p95 age)//生成四分位数
mkspline age = age, knots(46 56 67 78) cubic//根据上面的四分位进行设置节点，46 56 67 78)就是这么来的

由此得到age1-age3等3个节点

然后建立COX回归模型，如果你是其他模型的话就在这一步建立其他模型

通过菜单和命令都可以建模，我就不详细说了，可以看我的其他文章有详细说明

stset time, failure(status==1)
stcox age1 age2 age3 ln_yesno
stcox age1 age2 age3 i.ln_yesno

然后通过下面命令得到一个年龄和HR的表

xblc age1-age3, covname(age) at(35 40 51 60 79) reference(50) eform scatte

这一步可有可无，主要是要产生一个年龄和HR的表，at可以选任意值，我主要是针对年龄50上下自由选的，但这个一定是要在年龄变量里面有的的年龄。

接下来做出立方条图

levelsof age if inrange(age, 35,79)
xblc age1-age3, covname(age) at(`r(levels)') eform reference(50) line

由上图可知，我们的参考点是50岁，为什么要选50岁呢，由下面表可知50岁的时候HR刚好为1，曲线上和曲线下对它有参考作用，这和我们使用R语言做出来的参考点是一致的。

我们还可以美化一下图形，先要生成pa hr lb ub这几个变量

levelsof age if inrange(age, 35,79)
xblc age1-age3, covname(age) at(`r(levels)') eform reference(50) line generate(pa hr lb ub)

然后做图，这个命令我要好好解释一下，twoway (line hr pa, sort) (line lb ub pa, sort lc(black black)这里是做出三条线，black black的意思是两条边线是黑色的，lp(- -)代表两条边线使用虚线表示

twoway (line hr pa, sort) (line lb ub pa, sort lc(black black) lp(- -)),legend(off) yscale(log) ylab(0.25 .5 1 2 5) xtitle(Age) ytitle(Hazard ratio) yline(1) title(Effect of age) subtitle (Adjusted for treatment)

接下来讲另一种方法，其实主要是在生存样条函数这里不同，是通过mkspline函数生成了样条函数

mkspline spl_age=age, cubic nknots(4)

这样就生成了spl_age1-- spl_age3等3个样条函数，也可以生成4个，我这里是为了好比较只生成3个

建模的过程也是一样的，我就简单点使用代码带过了
建模

stset time, failure(status==1)
stcox spl_age1 spl_age2 spl_age3 i.ln_yesno

做图，reference(50)也是和上面一样，从预测表里面选出

quietly levelsof age, local(ages)
levelsof age, local(ages)
xblc spl_age*, covname(spl_age1) at(`ages') reference(50) eform gen(ptage hr lb ub)
twoway (line hr ptage, sort) (line lb ub ptage, sort lc(black black) lp(- -)),legend(off) yscale(log) ylab(0.25 .5 1 2 5) xtitle(Age) ytitle(Hazard ratio) yline(1) title(Effect of age) subtitle(Adjusted for treatment)

OK，两个图都做出来了，我们进行比较一下

可以看出两种stata做出来的拐点基本一致，都是60多这样，50岁前的置信区间稍有不同，基本上两个图很接近，。我们再来比较一下和R做出来的图有上面不同

首先stata和R做出来的图型都是U型曲线，只是R做出来的U弯的没有这么明显，R的置信区间明显宽过stata,应该是算法不同，其次拐点基本一致，都是60多岁这样，因此两个软件做出来的结论应该基本一致，怎么取舍就看个人了。但是论图形的美观度，R就完爆stata了，ggplot2做图能力太强了。
更多精彩文章请关注公众号：零基础说科研

stata两种方法制作限制立方条图相关推荐

在word文档中如何自动生成目录，两种方法制作目录，总有一种适合你
在word文档中如何自动生成目录,两种方法制作目录,总有一种适合你目录在word文档中如何自动生成目录,两种方法制作目录,总有一种适合你 1.文章中的标题较多,每个单独调整格式太费劲,这里我们用一 ...
实例演示R语言制作限制性立方条图
限制性立方样条函数(RCS)在比较非线性关系中很常用.既往我们已经讲过R语言制作限制性立方条图,但是讲得比较简单,中间有些环节没写出来,我也不是很满意,今天重新来说一下.主要是要用到rms包的rcs函 ...
基于R和ArcGIS两种方法制作土地利用转移图详细教程
Part1背景土地利用转移矩阵大家应该都会做,但是土地利用转移图还是有部分人不太会做,本期介绍下R和ArcGIS两种方法绘制土地利用转移图,大家多多分享.练习数据来源请引用:地理遥感生态网科学数据注 ...
Matlab导出eps图片的两种方法
0.引言在论文撰写的过程中,期刊往往对图片的格式有所要求,分辨率为600dpi的eps图片一种常见的要求.科研人员常用的Matab提供了多种导出eps的方法,本人目前使用了两种方法导出eps,在使用 ...
如何将unity3d动画嵌入html,在Unity3D中使用精灵动画引擎制作动画的两种方法
7月28日消息,如今的游戏玩家对于游戏角色的动作要求越来越高,给开发者提出了众多的要求,工作量也相应上升.那么如何才能简单快速地制作角色动画以提升效率呢?下面就和大家分享两个在Unity3D中使用精灵 ...
unity 2D游戏开发制作帧动画的两种方法
本小主在这里给大家分享一下unity 2D游戏开发中制作帧动画的两种方法. 比较简单,一学即会. 方法一: 是用代码控制: 先创建一个2D工程.导入图片资源,并设置texture的texture ty ...
在Unity3D中使用精灵动画引擎制作动画的两种方法
本文节选翻译自Gamasutra社区博客,文中观点仅代表作者本人意见,与本公众号无关. 在Unity3D中使用精灵动画引擎的两种方法本文将介绍两种简单快捷的方法来制作游戏角色动画. 1.动画和动画控 ...
在几何画板中如何制作圆柱的侧面展开动画_几何画板画圆柱体的的两种动画制作方法...
和圆锥不一样,圆柱体的形成有两种方法,一种是由一个矩形面绕一条边旋转一周而成的,另一种是由圆面垂直向上或向下移动而成的.因此,制作圆柱形成演示动画要制作两种类型. 软件名称:最出色的教学软件几何画板 ...
BIGEMAP使用Unity3D制作真实地形的两种方法
使用Unity3D制作真实地形的两种方法: 1.在SceneView中使用height tools直接绘制: 2.使用外部工具制作的heightmaps: 具体操作如下: 1.准备一块DEM数据,格式 ...

stata两种方法制作限制立方条图

stata两种方法制作限制立方条图相关推荐

最新文章

热门文章