本示例来自gromacs网站上的示例：gromacs tutorial for drug-enzyme complex.有些步骤按其上面所述服务器无法运行，自己稍微做了修改。

2.用UltraEdit打开1az8.pdb文件，将HETATM一段(除去其中的水)拷入到The Dundee PRODRG2 Server，在“Chirality”，“Full charges”，“Energy Minimization”三个选项分别选为“Yes”，“Yes”，“No”，点击“Run PRODRG”生成抑制剂文件，解压，将DRGGMX.ITP文件重命名为drg.itp文件；

3. 编辑蛋白质坐标文件trp_minv.pdb导入工作站；

4. 在进行任何分子动力学模拟之前，必须建立分子的拓扑文件。Gromacs的分子拓扑文件是用pdb2gmx命令生成，文件后缀名为 .top。pdb2gmx的输入唯一文件是分子的PDB文件。把pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型，同时产生分子拓扑文件，使用命令：

pdb2gmx -ignh -ff gmx -f trp_minv.pdb -o trp2.pdb -p trp.top -water spce

解释：

-f ： 指定你的坐标文件，可以是pdb、gro、tpr等等包含有分子坐标的文件;

-o ： 输出文件，也就是处理过的分子坐标文件，同样可以是pdb、gro、g96等文件类型;

-p ：输出拓扑文件。pdb2gmx读入力场文件，根据坐标文件建立分子系统的拓扑;

-water :指定使用的水模型，使用pdb2gmx的时候最好加这个参数，不然后面会吃苦头。它会提前在拓扑文件中添加水分子模型文件;

-ff :指定力场文件(下文讨论)，也可以不用这个参数，再自行选择;

-ignh : 舍弃分子文件中的H原子，因为H原子命名规则多，有的力场不认;

5. 打开生成的trp2.pdb文件，将DRGPOH.PDB文件复制到trp2.pdb文件的结尾，将残基数列改为224，将原子序列也作相应调整，保存(原文说接在trp.gro文件的ASN223后面，但现在还没有生成这个文件，感觉应该是trp2.pdb)；

6. 编辑tro.top文件：在力场部分添加 #include “drg.itp”，在分子部分添加 DRG 1；

7. 真空条件下进行分子模拟输出结果误差较大，所以模拟之前，必须给分子添加水环境。使用genbox命令为gromacs模拟分子添加水环境。

使用editconf为体系添加一个盒子：

editconf -bt cubic -f trp2.pdb -o trp2.pdb -d 0.9

解释：

-f ： 指定你的坐标文件。

-o ： 输出文件，即放进盒子里面的分子系统。

-bt ： 盒子类型，有正方型，长方形，八面型等等，看个人需要跟癖好啦。

-d ： 分子离盒子表面的最短距离。这个跟-bt一起使用，基本就足够了;如果蛋白在模拟过程尺寸变化很大，那就用-box吧。

使用genbox向盒子里添加水分子：

genbox -cp trp2.pdb -cs spc216.gro -o trp_b4ion.pdb -p trp.top

解释：

-cp ：带盒子参数的分子坐标文件，也就是editconf的输出文件；

-cs ：添加的水分子模型，如spc216、spce、tip3p、tip4p等，关于各个模型的区别，请参考scholar google；

-o ：输出坐标文件，就是添加水分子之后的分子坐标文件，默认是.gro文件，但是也可以输出其他文件格式，如pdb；

-p ：系统拓扑文件，genbox会往里面写入添加水分子的个数。

8. 编辑MDP文件。在gromacs里，控制分子动力学模拟的参数文件称mdp(Molecular Dynamic Parameters)文件。该文件中定义分子动力学模拟的各种行为，内容如原文。每一项的内容为：

title:文件头，你想定义你模拟文件的名字，可以随意定义。

cpp：预处理器，于C/C++的预处理器一样，默认为(/lib/cpp)

define；预定义，设有默认预定义。可以使用如何模拟的预定义方法控制模拟进程，gromacs目前手册可供选择的有以下两种(其实还有其他，可以查看邮件列表)：

" -DFLEX_SPC "：即让gromacs为SPC水模型引入软性性质。这样可以在进行能量最优话是使共轭梯度法产生作用，同时也可以更进一步进行最速下降法进行能量最优话。

" -DPOSRE "：让gromacs把posre.itp文件包含到拓扑文件中，这样做是为了进行坐标限制性动力学模拟。

dt: 模拟步长，默认为0.001ps(只对md，sd和bd有效)。

nsteps: 整合算法的最大模拟步数。

其余的选项包括控制时间、精度、温度、坐标什么的。

9. 在给蛋白质添加水环境之后，系统中蛋白质本身已经带了静电量，需要要给系统加几个带相反电量的金属离子，使系统处于电中性。使用命令：

grompp -f em.mdp -c trp_b4ion.pdb -p trp.top -o trp_b4ion.tpr

形成参数，溶液呈电中性，需要三个负电荷中和。使用命令：

genion -s trp_b4ion.tpr -o trp_b4em.pdb -nname Cl -nn 8 -g trp_ion.log

为体系添加金属离子，选择12(SOL)。重新编辑trp.top文件。在“molecules”一栏，添加“CL 8”，然后在SOL数量中减8。重新保存；

解释：

-s: 指定系统tpr文件。

-p: 指定系统拓扑文件，在往系统中添加金属离子时，genion会往拓扑文件最后的分子类型中写入添加的离子数，并修改拓扑文件中系统原子数。

-o: 指定输出文件，genion的输出是pdb文件或者gro等结构文件。也就是说你产生这个文件之后，还要再用这个文件产生tpr文件。

-np/-nn: 带正/负电金属粒子的数目。

-pn/-nn 指定正负金属离子的名字，比如" NA+ "或者" CL- "。

10. 添加分子系统过程中，系统有很多原子距离太近，局部能量太高。这些相互距离太近的原子多是由于genbox程序产生的，溶剂分子与蛋白分子之间存在不稳定的高能量。如果现在开始模拟计算，而不进行能量最优化，系统将可能很不稳定。去除这些局部高能量的办法是对系统进行能量最优化。能量最优化过程是改变系统中局部高能量的原子的位置，降低这些点的能量。在进行能量最优化之前，先用GROMACS的预处理程序grompp处理所有输入文件。grompp预处理拓扑文件(.top)，坐标文件(.gro)和一个参数文件(.mdp)，然后输出一个二进制拓扑文件(.tpr)。这个二进制文件包含所有模拟需要的信息，利用这个文件即可以进行能量最优化和动力学模拟。使用命令：

grompp -f em.mdp -c trp_b4em.pdb -p trp.top -o em.tpr

11.使用mdrun命令进行能量最优化：

mdrun -v -deffnm em

在进行能量最优化过程mdrun程序的输出文中，从左到右第一个数字是模拟步数，第二个数字是计算步长，第三个数字是系统能量。可以看到系统能量从一个很高的值迅速降低，最后稳定在一个大负值。

12. 能量最优化之后，首先保持蛋白质不动，对蛋白质周围水环境进行动力学模拟，该过程称为位置限制性分子动力学(position restrained MD)。

位置限制分子动力学保持蛋白质位置不变，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间空洞。这个可能存在的空洞是genbox程序产生的。

首先对输入文件进行预处理得到二进制拓扑文件，这些输入文件就是能量最优化得到的输出文件。然后再写一个参数配置文件和索引文件。

默认情况下，程序对模拟系统是分部分的。我们利用两个部分进行位置限制性模拟：Protein和

SOL部分，分别表示蛋白质和溶剂。在这个过程中，即保持protein位置不变。

参数文件(.mdp)包含了位置限制性模拟的所有参数，包括步长，步数，温度等等。同时参数文件告诉GROMACS模拟的类型，如能量最优化、位置限制性或者是分子动力学模拟。需对原文提供的文件做一下修改如下：

tau_t = 0.1 0.1 0.1 0.1

tc-grps = protein sol DRG Cl

ref_t = 300 300 300 300

后面的就完全跟文献上的步骤一样了，

13.将轨迹文件压缩成一个可用ngmx分析的*.xtc文件中，命令为：

trjconv -f md.trr -o md.xtc

14.使用轨迹观察器绘制分子的3-D结构。

后面的都是分析了，现在还不太懂，以后再续，呵呵