DARNED:RNA编辑位点数据库

2024-05-15 05:39:53

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DARNED数据库收录了human等多个物种的RNA编辑位点信息，除了最常见的A->I类型的RNA编辑外，还收录了部分C->U的RNA编辑位点，网址如下

https://darned.ucc.ie/

该数据库包含的物种如下

Human
Mouse
Drosophila

官网提供了三种检索方式

1. region-based

Assembly选择对应的物种，然后根据Chromosome, start, end筛选对应的染色体区域上的RNA编辑位点信息，通过Limit，可以筛选特定基因区域，比如exon上的编辑位点信息，搜索框如下

2. gene-based

gene-based支持直接检索某个基因上的RNA编辑位点信息，搜索框如下

3. sequence-based

sequence-based支持直接输入一段序列，首先确定该序列在基因上的位置，然后给出对应区间的RNA编辑位点信息，搜索框如下

以human基因AHR为例，检索结果如下

在检索结果中，会给出每个RNA编辑位点的类型，染色体位置，对应的基因，SNP, 是否位于Alu重复序列上等信息。

该数据库是免费下载的，可以从以下链接下载到各个物种的RNA编辑位点信息

https://darned.ucc.ie/download/

相比RADATR数据库，该数据库中收录的RNA编辑位点数量会少一些。

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