windows缺少shell命令支持

用过Linux服务器分析数据的小伙伴，一定对Linux强大Shell命令所折服，经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。

还有想学习Linux Shell命令的小伙伴，一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全，虚拟机效率太低，服务器也是不每个人都会买的。

现在方便了，Github推出了一款软件 gitforwindows，只有30 M的一个windows软件，却可以取代windows下的dos环境，轻松实现200多个linux命令，让每个windows用户轻松拥有一个功能强大的终端。

Windows用户和Mac只差一个git的距离！

安装 gitforwindows

Git for Windows，主页：http://gitforwindows.org/

点击页面中“Download”进入下载列表。可根据个人喜好和系统选择下载版本。

这里我选择下载最新版64位版：Git-2.16.1.4-64-bit.exe (如有更新请下载最新版)

下载完毕，双击开始安装，全都默认选项，一路Next至安装成功。

如何使用

默认安装成功，在桌面或任何文件目录中，点击右键菜单中会有Git Bash Here选项

左键单击Git Bash Here即打开Git Bash终端

现在你有了一个功能强大的终端，管理你windows文件系统像linux一样。

如~家目录，就是用户主目录，我们位置在桌面，即~/Desktop

值得注意几点：启动Git bash的位置即当前目录

/为系统根目录，系统的分区c/d仅为根目录下的目录，如进入C盘，则输入cd /c

git只是实现了部分shell命令

git运行/bin目录中所有命令，同时支持系统中的dos命令和安装的程序，如查看文件可以使用ls也可以使用dos命令dir

Git有那些Shell命令

本质上Git将Linux命令重新编写了适合windows使用的exe可执行文件版本，查看一下系统中有那些可用的linux命令：# 进入系统命令目录

cd /bin

# 查看所有exe可执行程序

ls *.exe

列出了247个Shell命令程序，不在目录的shell命令也可上网搜索相应的windows版本exe文件，人工添加至windows环境变量即。

看看git支持哪些常用命令

是不是已经很强大了，强大到了一多半你都没用过。刚入门的小伙伴够学习一阵了。

其实我们常用的也就几个：awk   文本行列处理，如两个表共有列合并，即是一个小命令，也是一门语言，用好了功能极其强大

cat   显示文件内容

cp    复制文件，与windows系统的copy功能类似

cut   文件列操作

dos2unix  转换windows换行符为linux格式

gzip  文件压缩解压

head  显示文件前N行，或去除后N行

less  按页查看文件内容

ln    建立文件软链(快捷方式)和硬链

ls    显示文件目录，windows中类似命令为dir

mkdir 创建新目录

mv    移动或改名

rm    删除文件

rmdir 删除空目录

scp   远程复制文件

sed   文本替换，也是一门语言，功能极强

seq   产生连续等间隔数值序列

sort  排序，可实现excel中多条件同时排序

ssh   登陆ssh服务器，你和mac只差一个ssh的距离

zless 查看压缩文件

简单的fasta文件操作例子

我们在桌面上进建一个test文件夹，进入后右键执行 git bash，这时我们的起始目录即为当前test目录~/Desktop/test。

我们创建一个fasta序列文件，内容如下：>protein1

MEMEQEKMTMNKELSPDAAAYCCSACHGDETWSYNHPIRGRAKSRSLSASPALGSTKEFRRTRSLHGPCP

>protein2

VTTFGPKACVLQNPQTIMHIQDPASQRLTWNKSPKSVLVIKKMRDASLLQPFKELCTHLMEENMIVYVEK

KVLEDPAIASDESFGAVKKKFCTFREDYDDISNQIDFIICLGGDGTLLYASSLFQGSVPPVMAFHLGSLG

>protein3

FLTPFSFENFQSQVTQVIEGNAAVVLRSRLKVRVVKELRGKKTAVHNGLGENGSQAAGLDMDVGKQAMQY

QVLNEVVIDRGPSSYLSNVDVYLDGHLITTVQGDGVIVSTPTGSTAYAAAAGASMIHPNVPAIMITPICP

HSLSFRPIVVPAGVELKIMLSPEARNTAWVSFDGRKRQEIRHGDSISITTSCYPLPSICVRDPVSDWFES

>protein4

LAQCLHWNVRKKQAHFEEEEEEEEEG

复制上以fasta格式蛋白序列全部内容，在终端中输入如下命令：cat加>创建新文件test.txt并写始写入cat > test.txt

回车执行上述命令即开始编写文件状态，我们只需按鼠标滚轮即可快速粘贴剪切板中内容，再按Ctrl+D组合实现结束编辑并保存。

接下来对这个序列文件进行简单的操作：# 使用cat命令显示文件内容

cat test.txt

# fasta文件通常为.fa的扩展名，mv命令改名

mv test.txt test.fa

# 文件很大可使用less按页查看，空格翻页，q退出查看模式

less test.fa

# 只查看序列名称行

grep '>' test.fa

# 统计序列条数：即上条命令接wc统计字数，-l只统计行数

grep '>' test.fa |wc -l

# sed去除序列名中的大于号

grep '>' test.fa | sed 's/>//'

# 显示每条序列长度

# 基本思路将fasta文件多行并单行两列，为序列名和序列

# 统计第二列长度并输出

awk '/^>/ {printf("\n%s\t",$0);next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' test.fa | awk '{print $1,length($2)}'

现在我们可以在windows里轻松实现大文件操作，文件查看、压缩解决，序列分析，是不是很方便。

筒子们，燥起来吧！

Linux小抄

入门小伙伴推荐学习Linux CheatSheet —— 常用linux命令速记表，来自fosswire.com，有多国语言版本，随身常看，快速入门。

更深入的学习，推荐陈同博士写过的Linux学习系统推文，现在不用不用装Linux或必须买服务，一个软件就搞定：

Reference

Linux小抄 cheatsheet 多国语言版: https://fosswire.com/

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