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生物信息领域常用语言

个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java..(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。

生物信息常用语言非常广泛，我常用的有Perl, R, Shell，此外参与网页制作还用过PhP+mySQL，写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言，如果和计算机专业的人交流，对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主，并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和技巧。对于生信Perl使用人员有个交流和互相提高的平台，让新人少走点弯路。对于没有任何Perl基础强例建议别入坑，想学生信找Python教程吧，不解释看下图。

TIOBE世界编程语言使用排行

我们可以看到世界前三是Java, C, C++，大家都听说过；第四是Python，目前在生领领域有取代Perl地位的趋势，目前Perl列第9(世界十大语言之一)下降一位。R语言的数据分析领域有应用越来越广泛，今年上升两位至14名；Shell由于版本和各类较多，在50-100名间有4种，此语言只建议快速解决小问题，不建议写太长的任务，很容易跨平台不兼容。

总结：生信常用语言：Shell+R+Python/Perl

世界三大语言：Java, C, C++

生信语言的排名：Python 4th, Perl 9th, R 16thPerl写作环境模板推荐

很多人三行两行或直接命令行用perl直接解决问题，虽然快，但是不容重用和别人使用。因此，良好的写作环境和模板是效率和专业的体现，即提高自己的代码重用性，也方便交流和他人使用。编程环境IDE

推荐使用：Editplus 4.0，网上到处都是注册机和序列号，随便用，下载址搜不到可以点链接：http://pan.baidu.com/s/1jHJJ1qe 密码：6xm6。优点是可配置模板，可直接编辑服务器脚本(省略上传步骤)，高效的代码调试。编程模板

是解决常用功能的写作模板，如帮助文档部分(提高代码重用和版本管理，方便其他人使用)，命令行参数管理(可读性的命令行是程序的基础)，程序运行时间统计(项目时间管理)，常用文件读取数据结构样式(方便修改文件输入和输出)等；

下面是实现这样功能的模板：#!/usr/bin/perl -w# 加载时间管理，参数管理，文件名和路径处理的基础包，无须安装use POSIX qw(strftime);

use Getopt::Std;

use File::Basename;

################################################################################命令行参数据的定义和获取，记录程序初始时间，设置参数默认值#Get the parameter and provide the usage.###############################################################################my %opts;

getopts( 'i:o:d:h:', %opts );

&usage unless ( exists $opts{i} && exists $opts{o} );

my $start_time=time;

print strftime("Start time is %Y-%m-%d %H:%M:%Sn", localtime(time));

print "Input file is $opts{i}\nOutput file is $opts{o}n";

print "Database file is $opts{d}\n" if defined($opts{d});

$opts{h}=1 unless defined($opts{h});

################################################################################读入的数据或注释文件，用于与输入文件比较或注释(可选)，提供三种方式#Read the database in memory(opt)################################################################################open DATABASE,") {#chomp;#my @tmp=split/\t/;#$database{$tmp[1]}=$tmp[2];#}# 2. 数组结构数据库，无唯一ID，但有顺序要求#my (@tmp1,@tmp2); #database in array#while () {#chomp;#my @tmp=split/\t/;#push @tmp1,$tmp[1];#push @tmp2,@tmp[2];#}#close DATABASE;# 3. 批量数据文件，读取一批有相似结构的文件#open a list file#my %list;#my @filelist=glob "$opts{i}";#foreach $file(@filelist){#open DATABASE,") {#my @tmp=split/\t/;#$list{$file}{nr}++;#}#close DATABASE;#}################################################################################Main text.################################################################################ 正文部分，读取输入文件，列出输入和输入文件的三行作为示例，方便编程处理数据open INPUT,"

#chrm0    snppos1          ref2     mat_gtyp3        pat_gtyp4        c_gtyp5  phase6   mat_all7 pat_all8 cA9      cC10      cG11      cT12      winning SymCls  SymPval BindingSite     cnv#1       4648    C       A       C       M       PHASED  C       A       0       11      0       0       M       Asym    0.0009765625    -1      0.902113open OUTPUT,">$opts{o}";

#chrm    snppos          ref     mat_gtyp        pat_gtyp        c_gtyp  phase   mat_all pat_all cA      cC      cG      cT      winning SymCls  SymPval BindingSite     cnv#1       4648    C       A       C       M       PHASED  C       A       0       11      0       0       M       Asym    0.0009765625    -1      0.902113my %count;

# h参数用于去除有文件头的行while ($opts{h}>0) { #filter header

;

$opts{h}--;

}

# 输入和输入处理部分，常用按行读取处理并输入，默认按tab分割数据while () {

chomp;

my @tmp=split/t/;

print OUTPUT "$tmp[0]\t$tmp[1]n";

}

close INPUT;

close OUTPUT;

################################################################################Record the program running time!# 输出程序运行时间###############################################################################my $duration_time=time-$start_time;

print strftime("End time is %Y-%m-%d %H:%M:%Sn", localtime(time));

print "This compute totally consumed $duration_time s.n";

################################################################################Scripts usage and about.# 程序的帮助文档，良好的描述是程序重用和共享的基础，也是程序升级和更新的前提###############################################################################sub usage {

die(

qq!

Usage:    template.pl -i inpute_file -o output_file -d database -h header num

Function: Template for Perl

Command:  -i inpute file name (Must)

-o output file name (Must)

-d database file name

-h header line number, default 0

Author:   Liu Yong-Xin, liuyongxin_bio@163.com, QQ:42789409

Version:  v1.0

Update:   2017/6/2

Notes:

n!

)

}

模板导入Editplus

将上述代码保存为template.pl，在editplus中选择Tools — Preference — Template — Perl，点击template.pl右边的..按键，选择你自己的template.pl即可，以后选择perl脚本会自己加载该模板。

希望对大家有帮助！