Hisat2 Bowtie2比对结果解读
Bowtie的中文意思是:领结,蝴蝶结
Bowtie2用户手册:
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
在看比对结果前需要了解三个概念:
1.Aligned concordantly 合理比对
主要和比对参数:–fr/–rf/–ff 有关,默认是:–fr
在参数–fr下:前两种比对就是合理比对,也即:concordantly,后两种比对会成为不合理比对,也即:aligned discordantly,如果两个reads距离太远也会成为不合理比对。
2.Multiple alignments 多重比对
定义:一对reads/一个pair比对上genome的多个位置,也即:aligned >1 times 或是 aligned concordantly >1 times,这对reads/这个pair就会成为多重比对。相对应的就是 unique比对,也即:aligned exactly 1 time 或是:aligned concordantly exactly 1 time。
这里 bowtie2的默认参数是:
Default mode: search for multiple alignments, report the best one, 也即是:多重比对,只取最好的那个alignment。
3.Bowtie2在双端比对下:
如果一对reads/一个pair没有比对上任何地方,也即 aligned concordantly 0 times,那么就将这个pair拆分成两个single-end reads来进行比对。
双端比对:
For datasets consisting of pairs, the summary might look like this:10000 reads; of these:10000 (100.00%) were paired; of these:650 (6.50%) aligned concordantly 0 times8823 (88.23%) aligned concordantly exactly 1 time527 (5.27%) aligned concordantly >1 times----650 pairs aligned concordantly 0 times; of these:34 (5.23%) aligned discordantly 1 time----616 pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these:1232 mates make up the pairs; of these:660 (53.57%) aligned 0 times571 (46.35%) aligned exactly 1 time1 (0.08%) aligned >1 times96.70% overall alignment rate
翻译下即:
检测到10000个pairs,也即20000条reads;其中,10000个pairs都是paired也即双端数据;其中,650个pairs没有合理比对上;8823个pairs只合理比对上一次;527个pairs合理比对多于一次;在650个pairs没有合理比对上的pairs中:34个pairs可以不合理比对上一次;剩下的616个pairs,也即1232条reads中:660条reads没有比对上;571条reads可以比对上一次;1条read比对多于1次
总共的比对率是:(88232+5272+34*2+571+1)/20000=96.7%
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