conda安装bowtie2的报错:undefined symbol
使用conda安装bowtie2遇到undefined symbol报错
/public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: symbol lookup error: /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s/public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: undefined symbol: _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv
: symbol lookup error: /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: undefined symbol: _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv
直接复制报错信息进行谷歌检索,没有找到答案。
复制_ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv
进行检索,定位到这个symbol由 tbb定义
使用ldd分析bowtie2-build-s的动态链接,发现libtbb的静态链接是对应的是系统的libtbb
切换到anaconda的动态库目录中,发现没有libtbb.so.2
因此最容易想到的解决方案就是
ln -s libtbb.so.12 libtbb.so.2
但是依然会报错。因为出现undefined symbol的根本原因是,tbb有bioconda, main, conda-forge三个版本,conda-forge是最新的结果,而我安装bowtie2用的就是最新的conda-forge, 而非bowtie2构建时候用的bioconda版本。如果我系统没有自带tbb,那么报错就是 symbol not found, 而非undefined symbol。因此真正的解决方法是卸载tbb和bowtie2,重新安装(确保bioconda是最高优先级)
conda install -c bioconda bowtie2
http://www.taodudu.cc/news/show-3642170.html
相关文章:
- Bowtie2 基因组mapping
- BWA,Bowtie,Bowtie2的比对算法推导
- 利用bowtie2去除宿主基因
- 生信技能树 linux下安装bowtie2和使用bowtie2进行初步比对
- Bowtie2生成linux的动态链接库.so文件
- 测序比对软件的总结----bowtie2
- 【bioinfo】hisat2/bowtie2比对结果summary文件解读
- Hisat2 Bowtie2比对结果解读
- Bowtie 2使用
- 安装生物信息学软件-bowtie2
- bwa、bowtie2、tophat、hisat2 比对软件学习中的笔记整理
- bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
- bowtie 加mn标签_Bowtie2使用方法与参数详细介绍 - Public Library of Bioinformatics
- Bowtie2
- bowtie 加mn标签_Bowtie2使用方法与参数详细介绍 | Public Library of Bioinformatics
- bwa和bowtie2使用方法
- bowtie 加mn标签_Bowtie2用法祥解
- bowtie 加mn标签_bowtie和bowtie2用法详解
- 生信软件 | bowtie2(测序序列与参考序列比对)
- bowtie2序列比对
- Bowtie2使用方法与参数详细介绍
- Bowtie2详细文档
- Java输出不换行,在固定位置重复打印
- 【java】输出不换行
- Java中换行输出的两种方法
- Java输出不换行
- Java FileWriter输出换行
- java 接受输入不换行_java回车不换行
- java输出到txt 换行_Java输出到txt文件时如何加换行符
- java自动换行输出_Java PrintStream.println打印自动换行
conda安装bowtie2的报错:undefined symbol相关推荐
- R语言readxl或者tidyverse安装报错undefined symbol libiconv
我的生物信息专栏正式开启啦!!!为广大生物信息爱好者提供生信支持:拿来即可免安装部署到服务器的生信pipeline:R,python,C语言等包的debug:优秀文献内容解读等,欢迎订阅关注!!! 文 ...
- undefined symbol nvic 报错 undefined symbol TIM_Cmd报错
目录 undefined symbol nvic 报错 undefined symbol TIM_Cmd报错 undefined symbol nvic 报错 原因是在FWLB文件夹中未加入misc. ...
- sslocal 报错undefined symbol: EVP_CIPHER_CTX_cleanup
sslocal 报错undefined symbol: EVP_CIPHER_CTX_cleanup INFO: loading config from /etc/shadowsocks.json 2 ...
- 【2020-06-16】CentOS8下yum安装nginx,systemctl start nginx报错undefined symbol: FT_Done_MM_Var
这几天自己在家组了个机子,装了带GNOME的CentOS8.昨天整了个一键安装lnmp,中途报错.重启系统的时候发现我GNOME起不来了(不确定这是否与安装lnmp报错有关).于是先直接进入命令行系统 ...
- .php on line 0,控制台运行php报错 undefined symbol: gdImageCreateFromJpeg in Unknown on line 0 解决方法...
之前把homestead中的nginx替换为openresty后就发现php控制台运行时会报一个错: undefined symbol: gdImageCreateFromJpeg in Unknow ...
- 编译报错undefined symbol: vtable for
报错:undefined symbol: vtable for 原因:结构体/类中的某个方法不是纯虚函数,而且没有被定义. 解决方法:找到这个没有被定义的函数,然后定义即可.
- PHP扩展undefined symbol,基于phpx的扩展运行报错undefined symbol
使用phpx写了一个简单的容器,想放到php中运行做点测试.我在这之前已经成功的写了一个dispatch_function注册到了swoole中,而且运行正常. 后面我又写了个C++类,新建了个PHP ...
- 使用conda安装pytorch-gup环境报错解决
使用conda安装pytorch: (pytorch) C:\Users\Gasto>conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolk ...
- 报错 undefined symbol: _ZN6caffe26detail36_typeMetaDataInstance_preallocated_7E
主要是pytorch版本的问题. 重新安装即可. 不需要卸载之前的,安装时会自动覆盖. 我安装了0.4.0的版本,你可以根据自己的情况安装需要的版本. pip install torch==0.4.0 ...
最新文章
- 基于开源TiRG的文本检测与提取实现
- 安全的开源Linux Kodachi 5.7 发布啦
- 1. python 字符串简介与常用函数
- 使用ASP.NET MVC Futures 中的异步Action
- C#判断Textbox是否为数字
- 北京人文计算机学院,北京人文大学计算机信息工程学院举行元旦晚会
- flask如何连接mysql数据库_flask连接mysql数据库
- linux7空闲内存,centos7 内存占用率高处理问题
- mybatis sql不等于
- 开源的方舟编译器将进入深圳大学课堂
- React-Native 按钮点击几种效果进行对比
- 相对定位(HTML、CSS)
- LuoguP2764 最小路径覆盖问题(最大流)
- 2020年华工计算机应用基础随堂作业,《计算机应用基础》随堂练习-2020年华工网络教育.docx...
- 如何快速搭建自己的阿里云服务器(宝塔、Xshell、Xftp配置)
- Python界面设计之Label
- 刚刚!国产大数据基础软件第一股星环科技成功上市,开盘大涨超52%
- 金山中学 rugular SRM 04 ——纪念我的第一次Ak
- TOP100summit 2017:小米唐沐等大咖精心挑选的100个年度研发案例实践
- 什么是Session,Session常用API