RDKit | 基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型
QSAR
定量构效方法(quantitative structure-activity relationship, QSAR)是应用最为广泛的药物设计方法。所谓定量构效方法就是通过一些数理统计方法建立其一系列化合物的生理活性或某种性质与其物理化学性质之间的定量关系,通过这些定量关系。可以预测化合物的生理活性或某些性质,指导我们设计出具有更高活性的化合物。
早在1867年,Crum-Brow 和Fraser就提出了构效关系的概念,1900年前后,Overton 和Meyer等提出了麻醉作用的类脂学说,即化学结构各异的麻醉剂其活性随着脂-水分配系数增加而增加的现象,这可能是最早提出的化合物生理活性和物理化学性质之间的定量分配关系模型。但只是到近几十年,尤其是Hansch法提出后,随着计算机技术的发展和多变量解析技术的引入,定量构效关系方法才逐渐发展和应用起来,现在它已经成为药物设计和药物开发中不可缺少的工具。
Pytorch与QSAR
尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型
环境依赖
pip install pprint
pip install argparse
#安装rdkit
conda install -c rdkit rdkit
安装pytorch
RDKit | 基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型相关推荐
- 基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型
尝试使用pytorch和RDKit构建QSAR模型 环境依赖 pip install pprint pip install argparse #安装rdkit conda install -c rdk ...
- python保存模型与参数_基于pytorch的保存和加载模型参数的方法
当我们花费大量的精力训练完网络,下次预测数据时不想再(有时也不必再)训练一次时,这时候torch.save(),torch.load()就要登场了. 保存和加载模型参数有两种方式: 方式一: torc ...
- 【小白学习PyTorch教程】九、基于Pytorch训练第一个RNN模型
「@Author:Runsen」 当阅读一篇课文时,我们可以根据前面的单词来理解每个单词的,而不是从零开始理解每个单词.这可以称为记忆.卷积神经网络模型(CNN)不能实现这种记忆,因此引入了递归神经网 ...
- Python基于PyTorch实现BP神经网络ANN分类模型项目实战
说明:这是一个机器学习实战项目(附带数据+代码+文档+视频讲解),如需数据+代码+文档+视频讲解可以直接到文章最后获取. 1.项目背景 在人工神经网络的发展历史上,感知机(Multilayer Per ...
- Python基于PyTorch实现BP神经网络ANN回归模型项目实战
说明:这是一个机器学习实战项目(附带数据+代码+文档+视频讲解),如需数据+代码+文档+视频讲解可以直接到文章最后获取. 1.项目背景 在人工神经网络的发展历史上,感知机(Multilayer Per ...
- 使用schrodinger建立深度学习QSAR模型
使用schrodinger建立QSAR模型 本篇教程将展示如何使用AutoQSAR/DeepChem去设定,建立和理解深度学习QSAR/QSPR模型. 文章目录 使用schrodinger建立QSAR ...
- 银行股价预测——基于pytorch框架RNN神经网络
银行股价预测--基于pytorch框架RNN神经网络 任务目标 数据来源 完整代码 流程分析 1.导包 2.读入数据并做预处理 3.构建单隐藏层Rnn模型 4.设计超参数,训练模型 5.加载模型,绘图 ...
- RDKit | 基于scikit-learn将pytorch用于QSAR模型构建
将PyTorch用于深度学习框架.PyTorch非常灵活,并且有很多文章将其用于实现. 利用scikit-learn一样调用fit来训练pytorch模型,使用skorch可以使训练过程变得简单. s ...
- RDKit | 基于不同描述符和指纹的机器学习模型预测logP
log P(油水分配系数)是确定化合物是否适合用作药物的最重要属性之一.当前,用于计算机预测log P的大多数可用回归模型都在实验测得的log P值(PHYSPROP数据库).但是,该数据库中的大多数 ...
最新文章
- 公开课 | 让机器读懂你的意图——人体姿态估计入门
- 在weex 中的引入 Ethereum -web3.js
- 我的书法记录--2018.12.2
- 中国人民大学_《组织行为学》_20 如何避免办公室政治的负面影响?
- Hadoop Distributed File System 简介
- 共识协议(9)NPOS波卡
- 网卡驱动:stmmac DMA接收流程
- 网站计数器 web映射
- 腾讯架构师讲解Java接口的继承与抽象类
- 【大数据】分布式集群部署
- Notepad++快速选中多行
- pytorch报错: invalid argument 0: Sizes of tensors must match except in dimension 0.
- 再倒入项目的时候,为什么要转为maven项目?
- android PopupWindow 显示问题
- MySQL常用命令集锦
- filenet安装前置工作-总结安装一天的成果
- java readpassword_Java Password.readPassword方法代碼示例
- word交叉引用自动编排word参考文献
- Mac修改hosts方法
- Linux xampp apache启动失败解决办法