R语言包_knitr
可重复性试验
科学研究中,可重复性相当重要,即结果能够被复现。
knitr之前,学者们通常通过简单的图片和文字组合交流信息,这种方式效率极低,一方面不利于相互的理解交流,另一方便不利于修改。
knitr的出现,使可重复性试验更简易。
code chunk
knitr的核心思想是:文档内容根据不同的类型,使用不同的界定符,被拆分为不同的部分。
knitr可以把r代码嵌入到rmarkdown和latex中,然后编译成html等文档。
html和markdown
html极为笨重,md相对简洁,并且可以很容易地转化为html。
r markdown
图片输出到html,使用svg比默认的png效果更好。
```{r bunch_o_figs_svg, fig.height=4, fig.width=8, dev='svg'}
n <- 100
x <- rnorm(n)
par(mfrow=c(1,2), las=1)
for(i in 1:8) {
y <- i*x + rnorm(n)
plot(x, y, main=i)
}
```
尽力避免table,使用图形去解释。
在matrix和df的情况下,可以使用table。
```{r kable}
n <- 100
x <- rnorm(n)
y <- 2*x + rnorm(n)
out <- lm(y ~ x)
library(knitr)
kable(summary(out)$coef, digits=2)```
注意添加自己的信息
```{r session_info, include=TRUE, echo=TRUE, results='markup'}
devtools::session_info()```
make
创造可重复流程时,通常使用GNU-MAKE编译,联合bibtex,latex,r中的内容。
参考资料
kbroman的博客
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