R—计算系统发育多样性PD (Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity)

R计算 PD Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity

网址： https://cran.r-project.org/web/packages/picante/index.html

Description： Calculate the sum of the total phylogenetic branch length for one or multiple samples.

Usage： pd(samp, tree, include.root=TRUE)

Arguments

samp： Community data matrix

tree：A phylo tree object

include.root： Should the root node be included in all PD calculations (default = TRUE)

#加载包
library(picante)

library(ape)

#测试数据
data(phylocom)

pd(phylocomsample,phylocomsample, phylocomsample,phylocomphylo)

读取树文件：
tree= read.tree(“D:/timberproject2021/sp_tree20210707.tre”)
读取samp数据矩阵
b = read.csv(“D:/timberproject2021/GridsID-species2.csv”, header = T, row.names=1)
计算pd
c = pd(b, tree, include.root=TRUE)
导出计算结果
write.csv(c,file = “D:/aaa.csv”)

报错：修改树：
If youwant the root ofyour tree to correspond to the most recent ancestor of the taxaactually present in your sample, you should prune the tree before running pd:

prunedTree<-prune.sample(b,tree)

参考资料：

https://daijiang.name/en/2014/05/04/notes-func-phylo-book-1/

原文网址：https://www.jianshu.com/p/789a93c2f62a

R—计算系统发育多样性PD (Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity)相关推荐

R计算功能多样性— functional diversity (FD)
一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特征, 包括生长型.生活型.植株高度等:二是植物生殖特征,包括传粉方式.扩散方式.种子重量等:三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30].--参考为研究中 ...
C语言学习之购房从银行贷了一笔款d,准备每月还款额为p,月利率为r,计算多少月能还清。
购房从银行贷了一笔款d,准备每月还款额为p,月利率为r,计算多少月能还清. 设d为300 000元,p为6000元,r为1%.对求得的月份取小数点后一位,对第2位按四舍五入处理. #include & ...
R 计算均方差MSE(mean squared error)
本文介绍MSE(均方差),并使用两种R方法实现. MSE(均方差) 判定预测模型的准确度的常用方法是均方差MSE( mean squared error).计算公示为: MSE = (1/n) * Σ ...
R计算贝叶斯信息指标（Bayesian Information Criterion，BIC）实战
R计算贝叶斯信息指标(Bayesian Information Criterion,BIC)实战目录 R计算贝叶斯信息指标(Bayesian Information Criterion,BIC)实战
R计算获取决策曲线数据（Decision Curve Analysis，DCA）并使用python进行可视化
R计算获取决策曲线数据(Decision Curve Analysis,DCA)并使用python进行可视化目录 R计算获取决策曲线数据(Decision Curve Analysis,DCA)并使 ...
R计算数组的累计加和（Cumulative Sums）
R计算数组的累计加和(Cumulative Sums) 目录 R计算数组的累计加和(Cumulative Sums) R中的累加和可视化R中的累加和
R计算混淆矩阵（Confusion Matrix）
R计算混淆矩阵(Confusion Matrix) 目录 R计算混淆矩阵(Confusion Matrix) 拟合Logistic回归模型创建混淆矩阵
R计算赤信息指标（Akaike information criterion，AIC）
R计算赤信息指标(Akaike information criterion,AIC) 目录 R计算赤信息指标(Akaike information criterion,AIC) 计算AIC AIC结果 ...
R计算回归模型Mallows’ Cp指标
R计算回归模型Mallows' Cp指标目录 R计算回归模型Mallows' Cp指标 R中Mallows'Cp的计算 Mallow's Cp指标要点

R—计算系统发育多样性PD (Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity)

R—计算系统发育多样性PD (Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity)相关推荐

最新文章

热门文章