写函数：function(){}

注：一个函数只区分输入是什么数据类型，不关心怎么得到的（c（）,rnorm,seq都无所谓）

例：plot(iris[,1],col = iris[,5])，依据iris第五列的值，分配不同的颜色，颜色是参数col的默认值

可以用函数替代复制粘贴，实现同一数据的批量输出。或者选择使用循环。

jimmy <- function(i){
plot(iris[,i],col=iris[,5])
}

jimmy(1)
jimmy(2)
jimmy(3)
jimmy(4)

R包

包含函数，数据，帮助文档，描述文件等

如：作图ggplot2,差异分析limma

R包来源：

（1）CRAN网站，凡是这个网站上的R包均用install.package()来安装

（2）Bioconductor,凡是这个网站上的R包均用BioManager::install()来安装

过时代码：BioInstaller::bioclite(),需要替换最新的下载语句才能下载。

（3）github,这个网站使用 devtools::install_github()下载

注：CRAN与Biocductor有完善的审核制度，github没有

注：下载语句（“包的名字”）

github下载时（“用户名/包的名字”）

安装后需要加载：library() // require()

注：安装只需一次，但每次打开新的session都需要加载R包

R包的快速下载：镜像网站

# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/

# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #CRAN
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #Bioconductor

常见错误

could not find function ：可能是函数名拼错了，或者函数属于某个某个R包，但未加载该R包

library时报错，说明R包没有安装成功，library()是检查是否安装成功的标准。

已安装的包不加载，快速调用

BiocManager::install（）

dplyr::filter()

devtools::install_github()

安装操作：

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

如果R包装过了，则不安装；如果未安装，则进行安装操作

require（stringr）返回值为逻辑值，安装过返回TURE，未安装返回FALSE

注：ggplot2和dplyr的函数自有语法

注：browseVignettes("stringr")即包的在线教程，不是所有的的包都有。

注：ls("package:stringr")可以列出包里有哪些函数或数据

转自：生信技能树

生信技能树课程记录笔记（四）20220527相关推荐

生信技能树课程记录笔记（七）20220531
一.数据框排序法一:sort函数默认升序. 例:sort(test$Sepal.Length) 法二:order函数默认升序,返回数据下标组成的数组. 可以给向量排序,也可以给数据框排序例:t ...
生信技能树课程记录笔记（三）20220526
matrix 矩阵--只允许一种数据 data.frame 数据框--每列只允许一种数据类型 list 列表--各种都可依据生成函数判断/用class 或i函数判断一下数据类型一.数据框新建数据 ...
R：生信技能树学习笔记二
生信技能树小破站:R应该这样学5-7 1.热图 rm(list=ls()) library(pheatmap) a1=rnorm(100) dim(a1)=c(5,20) #设置维度 pheatmap ...
R：生信技能树学习笔记一
生信技能树小破站:R应该这样学1-4 1.查看已经安装的包的地址 .libPaths() 2.怎么查看函数用法 #在RStudio的右下角窗口的help可以看到 ?函数名 3.三个有用的函数 1.he ...
CancerSubtypes包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
CancerSubtypes包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!) 1. 引言 2. 数据处理 2.1 基本处理 2.1.1 通过检查数据分布来分 ...
ProTICS包的介绍（根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理）
ProTICS包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!) 1.设置环境 2.Part1的结果 3.Part2的结果 4.Part3的结果 5.相关函数 ...
计算机类sci四大水刊,生信类文章可以投四大水刊吗
在我们后台有很多朋友问到这样的一个问题:"生信类文章可以投下面的"神刊"吗"?圈内一致性公认的神刊: <Medcine> <Scientifi ...
生信技能树【代码大全搜录】
生信技能术代码大全: rm(list = ls()) options()$repos options()$BioC_mirror #options(BioC_mirror="https:// ...
TCGA学习笔记一(生信技能树概述版)
1.背景介绍重要数据外显子数据表达数据小RNA测序数据拷贝数芯片甲基化数据蛋白质组学数据临床信息癌症背景知识网页工具大全 GDC cbioportal:按照paper来分类的 UC ...
菜鸟生信学习第三节笔记：plink常用功能
plink由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免费,开源的全基因组关联分析软件. 官网:PLINK 1.9 主要功能: 1.数据提取,合并.提取特定SNP.样本.基因组某段区域的基因型3. ...

生信技能树课程记录笔记（四）20220527

写函数：function(){}

R包

R包来源：

生信技能树课程记录笔记（四）20220527相关推荐

最新文章

热门文章