ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库

2024-05-01 05:12:00

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OnGene是一个肿瘤基因的数据库，通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因，文章的链接如下

http://dx.doi.org/10.1016/j.jgg.2016.12.004

数据库网址如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html

数据库构建的pipeline如下图所示

首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索

oncogene
oncogenic
oncoprotein
proto-oncogene

得到候选的17033篇文献，然后从long non-coding RNA和oncogene两个关键词检索，得到435篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。

对以上得到的文献进行人工核对，最终筛选得到了803个有文献支持的肿瘤基因，并对这些基因进行了以下几种数据分析

功能注释，提供了基因名称，参与的通路，相关疾病等注释信息
差异分析，利用TCGA中的表达谱数据，进行肿瘤和正常样本的差异分析
与lncRNA的共表达分析，利用MiTranscriptome数据库中的表达谱数据，分析肿瘤基因与lncRNA之间的共表达
突变信息注释，利用TCGA中的mutation信息进行注释

通过首页的browser菜单，可以浏览肿瘤基因的相关信息，以蛋白编码基因MYC为例，包含以下几个部分的结果

1. Gene information

包含了基因名称，染色体位置，对应的pathway与疾病，序列等信息，示意如下

2. Literature

展示了该基因相关的文献和摘要信息，示意如下

3. Expression

展示该基因在样本中的表达量信息，示意如下

4. lncRNA

展示与该基因存在共表达的lncRNA信息，示意如下

5. Mutation

展示该基因上存在的mutation信息，示意如下

6. Homolog

展示其他物种中该基因的同源基因信息，示意如下

该数据库中的信息是可以免费下载的，链接如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/download.html

对于肿瘤研究而言，该数据库非常值得参考，可以帮助我们快速的筛选候选的肿瘤基因。

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