PyOrganic

介绍

一个使用类来描述有机化合物结构的Python库。

架构

Compound：描述化合物

Atom(抽象类) -> Carbon, Hydrogen：描述原子

Bond(抽象类) -> SingleBond, DoubleBond, TripleBond：描述键

示例

from PyOrganic import * # 导入 PyOrganic

Methane = Compound() # 定义化合物甲烷

C1 = Carbon(Methane) # 定义5个原子

H1 = Hydrogen(Methane)

H2 = Hydrogen(Methane)

H3 = Hydrogen(Methane)

H4 = Hydrogen(Methane)

SingleBond(C1, H1) # 连接原子

SingleBond(C1, H2)

SingleBond(C1, H3)

SingleBond(C1, H4)

Methane.entry_atom = C1 # 设置根原子

print(Methane.chemical_formula) # 输出化学式 -> CH₄

文档

class Compound

化合物

方法

def __init__(self)

构造化合物

属性

entry_atom: Atom

访问该化合物的入口点

只读属性

atoms: list[Atom]

该化合物所拥有的原子

chemical_formula: str

化学式

name: str

系统命名法下的名称(待补)

class Atom

原子

方法

def __init__(self, name: str, symbol: str, max_bonds: int, compound: Compound)

构造原子

name : 原子名称

symbol : 元素符号

max_bonds : 最大能连接的键数

compound : 从属的化合物

def set_bond(self, bond: Bond)

在该原子上单方面连接新的键

bond : 新连接的键

def spread(self, atoms: Iterable[Atoms])

递归寻找化合物中所有原子

atoms : 由所有原子组成的列表

只读属性

bonds: list[Bond]

获得原子上所连的键的集合

compound: Compound

该原子所属化合物

max_bonds: int

最大可连的键的数量

name: str

原子名称

next_atoms: list[Atom]

与该原子相连的原子

rest_bonds_value: int

剩余可连的键的数量

symbol: str

元素符号

class Carbon(Atom)

碳原子

方法

__init__(self, compound: Compound) => Atom.__init__('碳', 'C', 4, compound)

构造碳原子

compound : 从属的化合物

class Hydrogen(Atom)

氢原子

方法

__init__(self, compound: Compound) => Atom.__init__('氢', 'H', 1, compound)

构造氢原子

compound : 从属的化合物

class Bond

键

方法

def __init__(self, left_atom: Atom, right_atom: Atom, value: int, name: str):

构造键

left_atom : 键左侧的原子

right_atom : 键右侧的原子

value : 键值(共用电子对数)，单键为1，双键为2，叁键为3

name : 键名

只读属性

left_atom: Atom

键左边连的原子

right_atom: Atom

键右边连的原子

value: int

键值(共用电子对数)，单键为1，双键为2，叁键为3

name: str

键名

class SingleBond(Bond)

方法

def __init__(left_atom: Atom, right_atom: Atom) => Bond.__init__(leftatom, rightatom, 1, '单键')

构造单键

left_atom : 键左侧的原子

right_atom : 键右侧的原子

class DoubleBond(Bond)

方法

def __init__(left_atom: Atom, right_atom: Atom) => Bond.__init__(leftatom, rightatom, 2, '双键')

构造双键

left_atom : 键左侧的原子

right_atom : 键右侧的原子

class TripleBond(Bond)

方法

def __init__(left_atom: Atom, right_atom: Atom) => Bond.__init__(leftatom, rightatom, 3, '叁键')

构造叁键

left_atom : 键左侧的原子

right_atom : 键右侧的原子

class NotTheSameCompoundError(Exception)

当不同化合物的原子试图成键时抛出

class NotEnoughBondsError(Exception)

当剩余可连的键不足的原子试图成键时抛出

贡献者

ZZH

NKID00