MIMICⅣ2.2导入PostgreSQL
准备:
- MMICIV2.2数据库(https://physionet.org/content/mimiciv/2.2),只解压最外层的文件夹,里面的csv数据文件无需解压
- PostgreSQL软件
- mimiciv的sql文件(https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main)
1. 下载并安装7zip解压工具
安装好后,将安装位置写入环境变量
此电脑->右击->属性->高级系统设置->环境变量->在系统变量里找到Path->双击->新建->输入7zip安装位置->确定
环境变量设置好了后检查下是否安装成功
win+R->输入cmd->输入7z
如果一切都设置好了则会出现7zip的属性界面,类似下图
2. postgre创建数据库
打开psql的SQL Shell,一路回车直到输入密码,密码输入好后
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;#创建数据库mimiciv,用户为postgres
\c mimiciv;切换到mimiciv数据库下
3. 创建SCHEMA
CREATE SCHEMA mimiciv;
set search_path to mimiciv;
4. 创建Table
打开从GitHub上下载的mimiciv数据库代码,找到create.sql文件,一般是在mimic-code-2.4.0\mimic-iv\buildmimic\postgres这个路径下,复制create.sql的文件地址,在shell内输入 \i 地址,比如
\i R:/mimic-code-2.4.0\mimic-iv\buildmimic\postgres #E:/mimic-code-2.4.0\mimic-iv\buildmimic\postgres是我的create文件地址
5. 数据库导入
我的mimiciv2.2数据文件地址是R:\MIMICIV\mimic-iv-2.2,打开从GitHub上下载的mimiciv数据库代码,找到load_7z.sql文件,一般是在mimic-code-2.4.0\mimic-iv\buildmimic\postgres这个路径下
\set mimic_data_dir 'R:\MIMICIV\mimic-iv-2.2' #给加载数据的sql代码提供数据文件地址
\i R:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql
6. 添加索引
\i R:/mimic-code-2.4.0/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql
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