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Excel进行配色提取，绘制Cell都在用的南丁格尔玫瑰图、GO富集图等！

一位审稿人曾经说：“我看稿件的顺序是题目、摘要、图表、前言、参考文献和正文。”可见论文图片质量非常重要，图片质量的高低很大程度上决定了论文能否被顺利录用。毋庸置疑，拥有赏心悦目的配图的稿件更加能够获得审稿人的青睐！登高望远，学习高分文献中的精美配图是提高自身文章配图水平的不二法门。今天半就给大家分享从一篇2020年2月26日发表的Cell文献【1】中学习绘制南丁格尔玫瑰图、GO富集图等，权当抛砖引玉。首先，我为什么分享使用Excel绘图？1、 几乎所有人电脑上都安装有Excel；2、 Excel功能强大，可绘制出不逊于编程与其他专业软件的图形效果；3、 可导出高分辨图片；4、 Excel还能够实现一些常用软件(如Graphpad prism)绘制不了的图形。Excel绘制南丁格尔玫瑰图南丁格尔玫瑰图(Rose diagrams)是英国护士和统计学家弗罗伦斯·南丁格尔(Florence Nightingale)发明的一种圆形的直方图。其优点是使数据易于理解，让人印象深刻。下图是国际顶级期刊Cell文章中使用的玫瑰图【1】，用以说明差异表达基因(DEGs)在不同组织中的分布情况：“见贤思齐”，我们该如何绘制南丁格尔玫瑰图呢？尺有所长，寸有所短。目前常用绘图软件GraphPad Prism暂不能绘制南丁格尔玫瑰图，然而几乎所有人电脑中均安装了的软件Excel却可以轻松绘制漂亮的玫瑰图。绘制步骤：1. 数据准备模拟与Cell文献中类似的7组数据，每组所占角度为360°除以7为51.4286°：对各组织间角度范围细分如下，此外为了让各组织之间有一定的间隔，使其对应数据为0：得到1-360°各角度对应的组织与上调或下调数据：2. 绘制玫瑰图选择步骤1得到的数据，菜单栏点击插入 -> 插入图表 -> 雷达图下选择填充雷达图：得到填充雷达图：3. 美化玫瑰图3.1 选择并删除玫瑰图外围的数字：3.2 设置上调与下调颜色选中图形，鼠标右击选择设置数据系列格式：标记处依次设置上调与下调填充颜色，例如上调设置为红色，透明度设置为60%，效果如下：设置完成后效果如下：主要网格线处可以设置网格线的颜色、透明度、宽度等：4. 添加序列标签添加序列标签前准备好如下辅助数据：选择数据，插入饼图：饼图右上角加号选择数据标签 -> 更多选项  -> 标签选项选择标签仅包括类别名称，位置为数据标签外：饼图进入设置数据系列格式，图表选项设置为无填充：得到漂亮的南丁格尔玫瑰图：5. 导出高清图片使用XL toolbox(https://www.xltoolbox.net/)插件Import＆Export下导出高清Tiff图片：

Excel提取配色方案

相信很多人都曾经为绘图配色而苦恼，无论怎么调整都觉得自己的配色“辣眼睛”。向高分文章学习漂亮的配色方案是一个不错的选择。在此继续以Cell文章【1】为例向大家分享Excel提取配色的方法！下图是Cell文章中7个不同组织的颜色：步骤：1. EasyCharts插件链接：http://easychart.github.io/post/Easycharts/ 。下载完成后按照说明进行安装：安装完成后在菜单栏可见EasyCharts插件。2. 使用颜色拾取进行配色提取将想参考配色图片截图导入Excel，点击E asyCharts中的颜色拾取，逐一提取各组颜色，保存获得各颜色对应的RGB值：使用提取颜色时只需要在填充颜色时选择自定义，颜色模式选择RGB，填入对应的RGB值即可：4. 在其他绘图软件使用配色以GraphPad Prism为例，填充颜色时选择More colors，在RGB处填入提取的RGB值，Add to custom colors可以保存颜色后续使用，不需要再次输入：使用时点击More colors，在Choose color下选择保存好的custom颜色即可：扩展：1. EasyCharts插件除可以进行颜色拾取外色轮参考亦可辅助配色：2. 关于配色Excel表格页面布局下颜色处也有不同的颜色供大家参考：

Excel绘制GO分析图

Cell文献还对差异表达基因进行了GO分析，圆圈中的数字对应每一项中富集的基因数量：步骤：1. 准备GO分析数据,绘图需使用GO分析名称(Description列)、-Log10P与基因数量：2. 选择Description与-Log10P两列，插入二维条形图：3. 美化图片设置柱形图颜色为灰色：选中并删除竖直网格线：设置边框为灰色：右击图表右上方加号，添加坐标轴标题：添加数据标签，选择更多选项：标签选项设置仅显示单元格中的值：选择基因数量列：选择基因数量，右击更改数据标签形状为椭圆形：设置形状填充颜色与字体颜色，导出高分辨率图片即可：扩展：Excel绘制另类柱形图：准备号GO分析数据：选择数值，开始菜单下条件格式，选择数据条，渐变填充下选择需要的填充颜色：视图处选择不显示网格线：选择数值，右击设置单元格格式 -> 数字 -> 自定义 -> 类型中输入；；；(三个分号)，将隐藏数字：选择数据列，设置左侧与下方框线：最终效果如下：

模式图绘制

Cell文章中使用不同组织的模式图，增加了图形的趣味性。今天半夏给大家分享一款高效模式图绘制神器——BioRender。BioRender链接：https://biorender.com/ BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在内的30多个生命科学领域的数千个模板。需要什么搜索即可挑选自己需要的模式图，例如搜索kidney：我搜索选取了一些常用的模式图让大家感受一下：有了BioRender小白也可以在文章中轻松使用模式图！

实用网站

除了可以从Cell文章学习绘图外，文中还涉及了一些实用网站。1. Metascape链接：http：//metascape.orgMetascape【2】整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。作者使用Metascape进行了GO分析。2. CellPhoneDB链接：www.cellphonedb.orgCellPhoneDB是一种用以预测潜在的特殊的细胞间互作新型统计工具【3】。今天给大家分享从高分文献学习科研绘图就到此为止了，祝大家绘制高质量的图片、发高分文章！参考文献：1. Ma S, Sun S, Geng L, et al. Caloric Restriction Reprograms the Single-Cell Transcriptional Landscape of Rattus Norvegicus Aging [published online ahead of print, 2020 Feb 26]. Cell. 2020;S0092-8674(20)30152-5. doi:10.1016/j.cell.2020.02.0082. Zhou Y, Zhou B, Pache L, et al. Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets. Nat Commun. 2019;10(1):1523. Published 2019 Apr 3. doi:10.1038/s41467-019-09234-63. Vento-Tormo R, Efremova M, Botting RA, et al. Single-cell reconstruction of the early maternal-fetal interface in humans. Nature. 2018;563(7731):347–353. doi:10.1038/s41586-018-0698-6—END—

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