如何用MEGA-X构建进化树
通过进化树,我们可以得到一些非常有价值的信息,比如说某几个物种在同一分支上,说明他们有着较近的亲缘关系,更有可能他们之间存在着祖先与进化的关系。比如最近来势汹汹的新冠肺炎,下图为从网上找的冠状病毒遗传进化分析,其中图中2019-nCoV即为本次新型冠状病毒。
今天我们就来简单介绍一下进化树构建的基本过程。这次我们以YTHDF家族和YTHDC家族作为例子来进行演示www.51xxziyuan.com。
PART1
准备
1. 基因蛋白序列
打开NCBI gene数据库(文末获取地址),将所要查询的基因名称输进去即可,例如分析人YTH家族,将该家族的5个基因(YTHDF1/2/3、YTHDC1/2)依次输进基因栏。
选择对应物种,例如此处分析人,选择Homo sapiens,
选择要分析的序列,本文分析蛋白序列,点击NP链接,若要分析mRNA序列,点NM即可。
转进来后点击FASTA后即可看到该基因的蛋白序列,通过右上方send to发送至本地保存为fasta格式。
然后将5个基因蛋白序列合在一个fasta格式文件。具体合并就是把文件用文本打开,然后粘贴到一起就行。注意:所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。序列工作就做好啦
另:Uniprot数据库(文末获取地址)也可获取蛋白序列哦,步骤与此类似,自行探索即可
2.下载MEGA
行星资源站内搜索下载即可,有多种版本可供下载,由于本人电脑上为MEGA-X版本,下面就此版本介绍具体用法。
PART2
序列比对
做系统进化树之前要做多序列比对,将比对结果提交给MEGA建树。打开MEGA,点击File→Open A File/Session…→找到自己要比对的序列,打开
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