emboss 安装使用

Emboss（The European Molecular Biology Open Software Suite）该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统，是一个开放源代码的序列分析软件包。该软件包含160多个小型程序，涵盖序列比对、快速数据库搜寻序列、蛋白质模序及结构域分析、表达序列标签(EST)分析、核酸序列分析(例如CpG岛的识别)等多个领域。

emboss功能

序列比对
快速搜索数据库
蛋白质模块分析
核苷酸序列分析，包括寻找CpG岛，寻找重复
序列等。
小基因组的编码区分析，如寻找开放阅读框，
寻找EST等。
序列模式识别与翻译

安装emboss 6.5.7

安装plot 4.4

wget http://nchc.dl.sourceforge.net/project/gnuplot/gnuplot/4.4.0/gnuplot-4.4.0.tar.gz
tar zxvf gnuplot-4.4.0.tar.gz
cd gnuplot-4.4.0
./confugure
make
sudo make install

安装emboss依赖

sudo yum install libX11-devel
sudo ln -s /usr/lib/libX11.so.6 /usr/lib/libX11.so
sudo yum install libpng-devel
sudo yum install dvipng
sudo yum install libpng-devel

安装emboss

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/EMBOSS/EMBOSS-6.6.0.tar.gz
tar -zxvf EMBOSS-6.5.7.tar.gz
cd EMBOSS-6.5.7
./configure
make
sudo make install

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