使用Matlab SPM12与MRIcroGL进行头核磁ROI的标准化与Overlap图的制作

目的：使用SPM12将原始的T1WI图像以及ROI文件标准化至MNI152脑空间，以及使用MRIcroGL制作脑损伤的Overlay热图：

使用软件：Matlab2021b for mac，SPM12插件，MRIcroGL，3Dslicer

一.使用3Dslicer或其他app将DCOM格式影像图片导出为nii格式的T1WI图片，并勾画出损伤区域，同样导出为nii格式的ROI文件（教程：3D slicer勾画流程 | 码农家园）

二. 通过基于matlab的SPM12插件将nii格式的ROI文件和T1WI图标准化到MNI152脑空间（这是SPM12默认的模版）具体步骤见：https://neuroimaging-core-docs.readthedocs.io/en/latest/pages/spm_anat_normalization-lesion.html 注意：这一步使用的文件必须是由DCOM直接导出问的nii文件，不能从nrrd使用app转化。

详细步骤：

1. 在Matlab命令提示符下输入spm 2.点击fMRI按钮

选择Batch，从菜单栏依次点击SPM ➜ Spatial ➜ Segment

点击Volumes，选择你勾画ROI时使用的原始空间的T1WI文件。拉到最下方选择Deformation Fields 中的 Forward

2.在菜单栏选择：SPM ➜ Spatial ➜ Normalise ➜ Normalise: Write

选中Deformation Fields点击Dependencey选择最下方的Segment，点OK

选中Images to write点击Specitify选择你的ROI文件

选中Interpolation点击Nearest neighbour ，点Done

4.如果你不打算把原始空间的T1WI图像也标准化到MIN152空间，那到上一步就结束了，这一步是为了标准化原始空间的T1WI。基本操作同3。

选中Deformation Fields点击Dependencey选择最下方的Segment，点OK

选中Images to write点击Specitify选择你的原始T1WI文件

选中Interpolation点击4th Degree B-Spline，点Done

5. 点击最上方绿色小箭头运行程序，生成的文件前带有w的即为标准化后的ROI或原始T1WI文件。

三. 使用MRIcroGL将上一步已经标准化完成的ROI制作脑损伤的overlap图。

步骤1：Draw-Advanced-Creat overlap image-选择想要叠加的多名患者的ROI文件。

步骤2：File-Open standard-mni152 。

步骤3：File-add Overlay-选择步骤1制成的overlap 图步骤四：点击options旁边选项可以更改叠加区域颜色（视频教程：https://www.youtube.com/watch?v=VfpEv8Y2EP0）

注：Matlab for Mac安装教程及资源 MATLAB R2021b for Mac 版支持M1 MacOS12，超级详细步骤。（内附安装包网盘链接）_matlab for mac_「已注销」的博客-CSDN博客

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