R语言观察日志(part13)--从GitHub中下载R包

学习笔记，仅供参考，有错必纠

从GitHub中下载R包

这里，我们将介绍两种下载并加载R包的方式，即通过在线安装和本地安装。

在线安装

我们在使用在线安装的方法时，可能会遇到各种各样的问题，这里，我们试着下载2种R包，来尽量详细的阐述这个问题。

JuliaCall包

首先，我们需要安装devtools包：

install.packages("devtools")

如果我们想要下载https://github.com/Non-Contradiction/JuliaCall下的R包(项目名为:JuliaCall, 开发者名为:Non-Contradiction)，可以敲入如下代码：

devtools::install_github("Non-Contradiction/JuliaCall")

这时，报了个错：

Error: Failed to install 'JuliaCall' from GitHub:Could not find tools necessary to compile a package
Call `pkgbuild::check_build_tools(debug = TRUE)` to diagnose the problem.

按照提示信息，我安装了一个Rtools：下载地址

安装完后，再执行上述代码：

> devtools::install_github("Non-Contradiction/JuliaCall")
Downloading GitHub repo Non-Contradiction/JuliaCall@HEAD
These packages have more recent versions available.
It is recommended to update all of them.
Which would you like to update?1: All
2: CRAN packages only
3: None
4: mime  (0.8   -> 0.9  ) [CRAN]
5: xfun  (0.11  -> 0.15 ) [CRAN]
6: Rcpp  (1.0.3 -> 1.0.5) [CRAN]
7: knitr (1.26  -> 1.29 ) [CRAN]Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates:2
stringi (NA    -> 1.4.6) [CRAN]
mime    (0.8   -> 0.9  ) [CRAN]
xfun    (0.11  -> 0.15 ) [CRAN]
Rcpp    (1.0.3 -> 1.0.5) [CRAN]
knitr   (1.26  -> 1.29 ) [CRAN]
Installing 5 packages: stringi, mime, xfun, Rcpp, knitrThere is a binary version available but the source version is later:binary source needs_compilation
Rcpp 1.0.4.6  1.0.5              TRUEtrying URL 'https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/stringi_1.4.6.zip'
Content type 'application/zip' length 15310634 bytes (14.6 MB)
downloaded 14.6 MBtrying URL 'https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/mime_0.9.zip'
Content type 'application/zip' length 48395 bytes (47 KB)
downloaded 47 KBtrying URL 'https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/xfun_0.15.zip'
Content type 'application/zip' length 229980 bytes (224 KB)
downloaded 224 KBtrying URL 'https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/Rcpp_1.0.4.6.zip'
Content type 'application/zip' length 3030916 bytes (2.9 MB)
downloaded 2.9 MBtrying URL 'https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/knitr_1.29.zip'
Content type 'application/zip' length 1436187 bytes (1.4 MB)
downloaded 1.4 MBpackage ‘stringi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Error: Failed to install 'JuliaCall' from GitHub:(converted from warning) cannot remove prior installation of package ‘stringi’

发现报错，现在我们把原本的stringi包删掉，重新下载stringi包，运行代码，又报了如下错误：

(converted from warning) cannot remove prior installation of package ‘Rcpp’

我再次将Rcpp包删除，并重新下载Rcpp包，运行代码，遇到下面的对话框，我选择是：

下载完毕，导入成功：

library(JuliaCall)

gapminder包

我们从GitHub上下载gapminder包：

devtools::install_github("jennybc/gapminder")

报错：

Error: Failed to install 'devtools' from GitHub:schannel: failed to receive handshake, SSL/TLS connection failed

现在，有如下解决方案：解决 devtools::install_github 的 SSL/TLS connection failed 问题

我们试着用这种方案，解决这个问题。

首先，在Git Bash中敲入如下代码：

git config --global http.sslBackend "openssl"
git config --global http.sslCAInfo F:\software\R-3.6.2\library\openssl\cacert.pem

再次运行代码，发现又报出了如下错误：

(converted from warning) cannot remove prior installation of package ‘ellipsis’

么得办法，遇到该问题，可以删除该包，并重新下载。

在这里，我为了防止一些列麻烦，干脆把所有以安装的R包更新一遍，并再次运行代码，对gapminder包进行下载。

最后，下载完毕，导入成功：

library(gapminder)

注意事项

在线安装的过程中，可能会遇到各种各样的错误，大家可以查阅各种资料，耐心解决。

本地安装

如何下载GitHub项目到本地呢？

我们可以从GitHub上clone一个项目，也可以下载R的zip包，但是从GitHub上clone一个项目是真的慢…

这里，说一句题外话，我们先来熟悉一下如何利用码云从GitHub上clone一个项目，再学习如何加载R包。

利用码云clone一个项目

打开码云，点击从GitHub导入仓库：

将项目的url填入，并点击网页下方的导入：

很快，项目就被导入到码云上了：

现在，我们打开Git Bash，从码云上clone项目：

git clone https://gitee.com/goatbishop/efficientR.git

现在，它弹出一个用户名密码框，我们填入码云的用户名和密码，点击确定：

开始clone了，可以看到速度非常迅速：

Cloning into 'efficientR'...
remote: Enumerating objects: 9330, done.
remote: Counting objects: 100% (9330/9330), done.
remote: Compressing objects: 100% (2266/2266), done.
remote: Total 9330 (delta 7018), reused 9330 (delta 7018), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (9330/9330), 60.73 MiB | 8.03 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (7018/7018), done.

现在，我们已经完成了项目的下载了。

下载zip文件加载R包

回到正题，我们下载一个R压缩包，并利用devtools包，对其进行加载。

现在，我们试着下载pipR包，我采用和上面相同的步骤，直到clone那一为止，我们不要在Git Bash中clone这个项目，而是在码云上直接下载该压缩包到本地：

现在，我需要将本地的R包所在地址作为参数，输送给devtools包下的install_local函数：

devtools::install_local("F:\\temp_download\\pipeR-master.zip")

pipR包导入成功：

library(pipeR)