关于NMDS的一知半解

最近阅读了一下NMDS的相关资料，自己梳理了一下并做出简要总结：
NMDS的目的是想要把复杂的多维空间的点，降维后（通常是2D）展示出来。
类似的降维展示有PCA，但是与PCA不同。
PCA是采用了欧氏距离（欧氏距离什么的我还不太懂，后续会继续研究，欢迎大
家和我讨论）
NMDS 是依据排列顺序（rank order）来定义距离。
NMDS 的计算步骤：
1. 在多维空间中定义点的位置。
2. 确定降维后的维度（通常是2维）。
3. 在2维中定义点的初始结构。
4. 比较 2D 中点的距离与计算出来的距离的差异。
5. 确定stress值。
6. 确定最优的stress值后，矫正每个点在2D图的位置。
关于stress值：
stress值表示了 2维空间中点的距离与多维空间中点的距离的差异。stress会不断优化直到找到最优的stress值。

关于NMDS我还有很多地方不懂，欢迎大家与我讨论。

关于NMDS的一知半解相关推荐

为什么说一知半解的人生最可怕？
https://club.1688.com/threadview/48028003.html 先从一件小事说起 NO.1 感冒好转,突然想吃酸菜鱼,就拉了新入职的用成.冷水韵和老白去吃饭.我们点完菜才 ...
可视化绘图技巧100篇分析篇（一）-数据降维NMDS分析（补充篇）
目录前言算法原理什么是NMDS分析? NMDS与其他降维方式有什么区别?
统计分析/PCA，PCoA，NMDS等的区别
相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们对物种(或基因.功能)的分析具有重要作用,因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中.那么你知道 ...
pca ， nmds , pcoa 图添加分组的椭圆
对于pca , nmds, pcoa 这些排序分析来说,我们可以从图中看出样本的排列规则,比如分成了几组. 为例样本分组更加的直观,我们可以根据实验设计时的样本分组情况,对属于同一个group的样本添 ...
雅思等出国留学成绩要求一知半解？戳这里
出国留学正成为越来越多学生的选择,但想要申请到自己满意的学校,考取理想的成绩是首当其冲的第一件事情.那出国留学成绩要求是怎样的呢?以雅思为例,对于初次备考雅思的考生而言,很多人似乎都是一知半解. 作为 ...
跟着iMeta学做图｜NMDS分析展示群落beta多样性
原始教程链接:https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221108NMDS 写在前面非度量多维尺度分析(Non-metric mult ...
Logstash过滤详解(一知半解)
"我就于茫茫人海中寻我唯一灵魂之伴侣,得之吾幸,失之吾命,如此而已" 搭建ELK时,在Logstash花费了很多的时间,最后也算是摸得个一知半解,话不多说,开始搬砖, 安装不多说, ...
人工智能伦理学的一知半解
读MBA时候的授业导师是周教授,周教授有一门颇受学生们欢迎的课程是"企业伦理学".时隔多年,课本的内容已经还给了学校,但周老师课上的一些话还隐约记得. 伦理学是关于道德问题的科学, ...
计算机体系结构的一知半解
计算机的体系结构是关于计算机自身的系统架构,而软件指令集架构在计算机体系结构中处于核心地位,因为软件和硬件之间都是通过软件指令集架构(ISA)来对话的. 例如,在20世纪60年代早期,IBM 有四个不 ...
数据系统读写权衡的一知半解
在计算机领域,有一个有趣的趋势,往系统中写入数据需要做更多的工作.我们需要对数据进行重新组织.合并.重新建立数据库索引等操作,才能使写入的内容更加有用.如果不这样做,必须实现内容搜索或其他工作来支持未 ...

关于NMDS的一知半解

关于NMDS的一知半解相关推荐

最新文章

热门文章