bcftools操作vcf文件

根据染色体提取vcf中的信息：

bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_22.gz -O z

解释：

提取金标准变异NA12878.vcf.gz中20、21和22染色体的变异，保存到NA12878.vcf.chr20_22.gz文件中
-O z：表示使用压缩形式保存文件

提取之后的文件作为其它软件输入时经常需要索引，可按如下建立索引：

bcftools index -t NA12878.vcf.chr20_22.gz

解释：

-t：产生TBI格式的索引（如果没有-t选项，默认会产生csi的索引）
命令结束后会产生NA12878.vcf.chr20_22.gz.tbi的索引文件

bcftools操作vcf文件相关推荐

bcftools合并vcf文件
见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...
使用bcftools对bam文件call vcf
bcftools是samtools附带的一个函数,用bcftools对处理好的bam文件call snps. #对bam建索引 samtools index ./data/xxx.bam #对fast ...
python提取文本中的手机号_Python从vcf文件中读取手机号并进行去重操作
文章目录 1. Python代码 file = open('test.vcf', 'r', encoding='utf-8') tels = [] for line in file: line = l ...
实操 | 合并VCF文件的几种方法及注意事项
背景在基因组分析领域的很多不同场景中,需要合并VCF文件. VCF文件.简单来说,就是记录样本基因型的文件.但多数VCF文件不只记录了基因型,也包含有关该基因型的来源的细节. 其它文件.VCF文件 ...
关于QQ通讯录的应用及vcf文件导入手机的乱码问题
题记:最近果真是诸事不顺,没钱的日子里手机又丢了,还是比较伤心滴,更伤心地是我那里面有各种日期提醒啊,无限郁闷中...最最伤心的是我好久都没备份手机通讯录了,好多人的联系方式都没了,不过这两天倒是记住 ...
perl 生成 .vcf文件以导入电话
#!/usr/bin/perl -w use strict; =head--comment 公司发布的通信录是以excl文件的形式,要导入我的电话中肯定不行拉,电话需要.vcf文件格式(le ...
gvcf文件与vcf文件
gvcf文件与vcf文件都是vcf文件,不同之处在于gvcf文件会记录更多的信息,这里更多的信息指的是未突变的位点的覆盖情况,从下面的图我们可以直观的看出两者的区别可以看到,gvcf文件也分两种,一 ...
nokia vcf文件导入iphone（转）
终于要告别nokia,进入苹果时代,研究了几天的iphone,发现易用性方面还真是不如安卓,没办法只能去适应,首先就是通讯录的导入问题,用的是如下链接的方法,虽然苯一点但是可以保证不遗漏: 如何批量导 ...
C#导出到通讯录生成微信头像跟VCF文件并把头像保存在阿里云
/// <summary> /// 导出到通讯录生成微信头像跟VCF文件 /// </summary> /// <ret ...
Android vcard使用示例，生成vcf文件
我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange P ...

bcftools操作vcf文件

bcftools操作vcf文件相关推荐

最新文章

热门文章