【MATLAB生信分析】MATLAB生物信息分析工具箱（二）

AlignMultipleSequencesExample.m

蛋白质序列-多重比对

AlignQuerySequenceToProfileUsingHMMModelAlignmentExample.m

HMM模型实现用户序列-比对
AUCNormalizationExample.m

质谱曲线下面积 (AUC) 进行归一化

BuildPhylogeneticTreefromPairwiseDistancesExample.m

序列成对距离法-构建系统发育树

BuildPhylogeneticTreeusingNeighborJoiningMethodExample.m

邻接法-构建系统发育树

CalculateAffymetrixProbeAffinitiesExample.m

计算 Affymetrix 探针亲和力

CalculateAffymetrixProbeAffinitiesExample.m

计算有向图中的最大流

CalculateRangeOfGeneExpressionProfilesExample.m

计算基因表达谱的范围

CalculateSequenceProfilefromPartofAlignmentCountingAllGaExample.m

计算序列谱

CalculateTheAtomicCompositionOfAProteinExample.m

计算蛋白质的原子组成

Calculate variance of gene expression profiles

计算蛋白质的原子组成

CalculateVarianceOfGeneExpressionProfilesExample.m

基因表达的方差
ChangeReferenceSequenceOfBioMapObjectExample.m

改变BioMap对象的参考序列

CharacterizeGenesInvolvedInTheYeastDiauxicShiftExample.m

表征酵母双峰转换中基因表达

CleaveASequenceExample.m

胰蛋白酶切割序列
ComputeTheNumberOfReadsMappedToRefSeqExample.m

计算映射到参考序列区域读段数量

ConstructABioIndexedFileObjectAndAccessItsGOExample.m

构建生物索引文件并访问其基因本体论（GO）条目
ConstructABioMapObjectExample.m

从 SAM 文件以及其结构文件构建 BioMap 对象
ConstructAnExptDataObjectExample.m

构造包含一个 DataMatrix 对象的 ExptData 对象

ConstructBioReadObjectfromFASTQFileExample.m

从 FASTQ 文件构建 BioRead 对象

ConstructBioReadObjectfromMATLABStructureExample.m

从 MATLAB结构体构建 BioRead 对象
ConstructBioReadObjectfromMATLABWorkspaceVariablesExample.m

从MATLAB工作空间中的变量构造 BiRoad 对象

ConvertADNASequenceToAnRNASequenceExample.m

将 DNA 序列转换成 RNA 序列
ConvertAlignedSequencesToCIGARStringsExample.m

将比对序列转换成 CIGAR 字符串
ConvertAnAminoAcideSequenceToANucleotideSequenceExample.m

将氨基酸序列转换成核苷酸序列

ConvertAnAminoAcidSequenceToSingleletterOrThreeletterExample.m

将氨基酸序列转换成单字母或三字母缩写

ConvertANucleotideSequenceToItsComplementarySequenceExample.m

将核苷酸序列转换成其互补序列

ConvertARandomAminoAcidSequenceExample.m

将氨基酸序列转换为整数编码表示

CountAminoAcidsInASequenceExample.m

DNA序列中密码子的计数

CountNucleotidesInASequenceExample.m

DNA序列中核苷酸计数

CountTheNumberOfReadsMappedToGenomicFeaturesExample.m

计算映射到基因组特征的读取数量

CreateABiographObjectAndCalculateNodePositionExample.m

创建一个 BioGraph 对象并计算节点位置和边的轨迹

CreateABiographObjectExample.m

创建一个 BioGraph 对象
CreateAPhylogeneticTreeExample.m

创建系统进化树
CreateABioMapObjectDisplayInNGSBrowserExample.m

创建一个 BioMap 对象并将其导入NGS浏览器中
CreateBiographObjSpecifyAccessItsPropsExample.m

创建一个 BioGraph 对象并指定其属性
CreatePCAPlotOfMicroarrayDataExample.m

建立微阵列数据的主成分分析图
CreateQualityControlPlotsForSequenceAndQualityDataExample.m

为序列和质量数据的创建质量控制图
DetermineImportantFeaturesFromFisherIrisDataExample.m

以Fisher鸢尾花数据为例确定数据的重要特征
DisplayASequenceLogoForAlignedAASeqExample.m

为比对好的氨基酸序列显示序列 LOGO
DisplayBoxPlotsForMicroarrayDataExample.m

创建微阵列数据的箱图

DisplayCNVDataAlginedToChromosomeIdeogramExample.m

对齐染色体表意图下的拷贝数变异

DisplaySequenceLogoForNucleotideSeqExample.m

为比对好的核苷酸序列显示序列 LOGO

DisplayTheFrequencyOfCNAExample.m

显示拷贝数变异的频率图

EstimateSynonymousAndNonsynonymousSubRatesExample.m

估计两个核苷酸序列的同义和非同义替换率
EstimateSynonymousAndNonsynonymousSubRatesMLExample.m

最大似然法估计两个核苷酸序列的同义和非同义替换率

FilterNextgenerationSequencingDataExample.m

滤除下一代测序数据中具有低质量碱基的序列

FilterOutGeneswithAbsoluteExpressionLevelsthatareLowerThExample.m

使用用户定义阈值筛选出低绝对表达水平的基因

FilterOutGeneswithLowAbsoluteExpressionLevelsExample.m

筛选出低绝对表达水平的基因

FilterOutGeneswithLowAbsoluteExpressionLevelsUsingaLogicExample.m

使用逻辑向量筛选出低绝对表达水平的基因
GenerateAnIndexStructFromBAMFileExample.m

从BAM索引文件生成索引结构
GenerateSpatialImageForMicroarrayDataExample.m

生成微阵列数据的空间图像
MaximumIntensityNormalizationExample.m

质谱数据中归一化每个谱线的离子强度

NormalizeAffymetrixDataExample.m

归一化 Affymetrix 数据
NormalizeMicroarrayDataExample.m

归一化 Microarray 数据

OpenAndViewABiologicalSequenceExample.m

打开并显示生物学序列

PerformCBSOnCGHDataExample.m

比较基因组杂交数据执行环形二分割

PerformHierarchicalClusteringOnGeneExpressionDataExample.m

对基因表达数据进行层次聚类

PerformUnpairedHypothesisTestForShortreadCountDataExample.m

对短读段计数数据进行非配对假设检验

PlotAHeatmapOfDataMatrixExample.m

绘制热点图

PlotASetOfMassSpectraDataExample.m

绘制质谱图
PlotChromosomeIdeogramsExample.m

绘制染色体表意图

QuantileNormalizationExample

质谱数据分位数归一化

ReadCytogeneticBandingInformationFromAFileExample.m

从文件读取染色体带信息

ReadDataFromGPRFileExample.m

读取和显示 GPR 文件

ReadSequenceDataFromFASTAFilesExample.m

从 FASTA 文件中读取序列

ReadSequenceInformationFromEMBLFileExample.m

从 EMBL 文件中读取序列

ResampleMassSpectrometryDataExample.m

质谱数据的重新采样

RetrieveAlignmentRecordsThatAlignToTwoRefSeqExample.m

检索比对到参考序列的比对记录

RetrieveBLOSUMScoringMatrixExample.m

检索BLOSUM得分矩阵

RetrieveExonsFromAGTFformattedFileExample.m

从 GTF格式文件检索外显子

RetrieveGenesFromAGTFformattedFileExample.m

从 GTF格式文件检索基因

RetrieveInfoAboutBAMFileExample.m

检索 BAM格式文件中的信息

RetrieveSegmentsFromAGTFformattedFileExample.m

从 GTF格式文件中检索片段

RetrieveTranscriptsFromAGTFformattedFileExample.m

从 GTF格式文件检索转录本

SendRasMolScriptCommandsToMoleculeViewerAppExample.m

向分子查看器发送 RasMol脚本

SmoothMassSpectrometryDataExample.m

最小二乘多项式方法平滑质谱数据

SplitMergedPairedendSequencesIntoSeparateFilesExample.m

将合并的末端配对序列分割成单独的文件

SplitSequencesIntoSeparateFilesBasedOnBarcodesExample.m

基于条形码分割成序列文件

TrimSequencesInAFASTQFileExample.m

修剪 FASTQ文件中的序列

Update SAM flag values of BioMap object

更新 BioMap 对象的 SAM 标志

View3DStructureOfAMoleculeExample.m

可视化分子的三维结构

ViewAMultipleSequenceAlignmentFileExample.m

可视化序列多重比对文件
ViewAPhylogeneticTreeExample.m

可视化系统发育树

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