qiime2 学习测序公司返回合并后的数据后续处理

参考：Alternative methods of read-joining in QIIME 2

将样品送去测序公司进行双端测序后，测序公司返还的是去掉barcodes、primers，合并好后的测序数据的处理方式：

qiime tools import \--input-path fj-joined/manifest \--output-path fj-joined-demux.qza \--type SampleData[JoinedSequencesWithQuality] \      注意类型：SampleDate[JoinedSequencesWithQuality]--input-format SingleEndFastqManifestPhred33         按单端数据格式：SingleEndFastqManifestPhred33

qiime demux summarize \--i-data fj-joined-demux.qza \--o-visualization fj-joined-demux.qzv         根据plot图来确定碱基切割位点

后续处理：Deblur

质量控制
qiime quality-filter q-score-joined \ --i-demux fj-joined-demux.qza \ --o-filtered-sequences fj-joined-demux.qza.qza \ --o-filter-stats fj-joined-demux.qza-stats.qza

Deblur处理

qiime deblur denoise-16S \--i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \--p-trim-length 250 \--p-sample-stats \--o-representative-sequences rep-seqs.qza \--o-table table.qza \--o-stats deblur-stats.qza

qiime feature-table summarize \--i-table table.qza \--o-visualization table.qzv

qiime feature-table summarize \--i-table table.qza \--o-visualization table.qzv \ --m-sample-metadata-file sample-metadata.tsvqiime feature-table tabulate-seqs \--i-data rep-seqs.qza \--o-visualization rep-seqs.qzv

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