vmd显示lammpstrj文件,并可手动调节部分原子的显示大小比例(lammps的group命令dump命令使用,vmd中cpk模式使用)
通过lammps输出的lammpstrj文件导入vmd中,如何改变不同原子的显示大小呢?
先上图:
图中一共两种原子,蓝色的原子显示的大小是红色的三倍,要实现这种效果,首先得对输出的lammpstrj做改变,我们需要对两种原子分别输出其对应的lammpstrj文件,这需要使用group命令对同类型的原子进行分组,group命令在手册的823页,如图:
我们将1类型的原子划为C组,将2类型的原子划为O组,分别输出其lammpstrj文件,然后倒入vmd,如图:
然后选择对应的selected molecule ,即可调节sphere scale和bond radius,及原子大小和键粗。
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